如何进行序列比对？如何进行序列拼接

Posted 2023-03-30

序列比对：分为局部比对 全局比对 还有短reads比对
序列拼接：有短reads拼接，还有sanger测序的长reads拼接，楼至直接百度百科会比较好一点，资料很多 参考技术A 序列比对可以使用序列比对软件，可根据不同的要求选择不同的软件，如blast、blat、soap、tophat、bwtie等，有很多的序列比对软件。 参考技术B blast

如何用MEGA7做序列比对？

参考技术A 先准备好需要比对的序列，可以是DNA序列，也可以是Protein序列；

进入MEGA7软件首页，点击Align------Edit/Bulid Alignment-------Creat a new alignment-------OK，之后会弹出来一个对话框：

我这里的是rRNA 的16S序列，因此选DNA；如果你的得是氨基酸序列，那选不就选Protein嘛。然后软件会弹出来一个新窗口用来输入你准备好的序列文件，步骤是：点击Data------Open-------Retrieve Sequences from File，之后软件会弹出本地文件选择框，在界面上找到你的序列文件，点击"打开"，你的序列就会显示在屏幕上了，打这里，你已经完成了序列的导入了，是不是很简单呢？你以为完了吗，等等，我们还没有呢做比对呢，咱们继续哈。。。

咱们现在屏幕上的序列还是散乱排列的，建树之间需要把他们对齐了，操作也很简单，点击Alignment---------Align by Muscle，同样会弹出一个对话框，问你是否要用所以的序列进行比对？（下图2），我这里是要用所有的，直接点击OK啦，但如果你的序列多了，也可以回到序列界面选择其中的序列，再来点击比对。 之后会弹出比对参数的对话框（下图3），具体每个条目是什么意思大家自行了解哈，我这里用的是默认值。

比对结果就如下图所示啦：

点击Data------Export Alignment有3种格式可供选择，选择你要的格式就好啦。

这样就完成了序列的比对了，我也是初来乍的新手呀，欢迎大家交流心得~~~3QU!!!...........

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