BOWTIE2 进行基因组比对

Posted 2023-03-08

参考技术A

Bowtie 2是常用的基因组比对软件。其原理在此不过多赘述，有兴趣的同学可以参阅其 官方文档 以及其发表的文章( https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 )。下面简单介绍Bowtie 2 Index和比对的命令及个人常用参数。

<reference_in>：如果此处使用 -f 参数，则指明index的参考fasta 文件；如果使用 -c 参数，则指明index的参考序列，例如， GGTCATCCT , ACGGGTCGT , CCGTTCTATGCGGCTTA .
<bt2_base>：指的是生成的index文件的前缀，默认情况， bowtie2-build 产生NAME.1.bt2, NAME.2.bt2, NAME.3.bt2, NAME.4.bt2, NAME.rev.1.bt2, and NAME.rev.2.bt2, where NAME is <bt2_base>.
--threads 使用的线程数

上述命令使用该fasta文件 /public/Reference/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ，在当前位置产生前缀为 GRCh38 的index文件。

单端测序比对

-x ：参考基因组index文件的前缀（包括路径）
-U ：单端测序的fastq文件
-S ：输出的SAM文件，包含比对结果
-p ：使用的线程数
"2>Align.summary"：将输出到屏幕的标准误(standard error)重导向到"Align.summary"文件，其格式通常如下

双端测序比对

双端比对模式基本与单端一致，只需替换fastq文件传入的参数即可
-1 ：一链fastq文件
-2 ：二链fastq文件

Bowtie2 还有更多详细的比对参数可以调整，这里就不一一介绍了。下面再介绍其输出的SAM文件中各列的含义。

SAM文件的每一行代表一个reads的比对情况，至少包含了12列（tab分割），从左往右，每一列的含义依次为：

以上就是对Bowtie 2进行基因组比对的一些总结，以后有新的心得再做补充。

完。