使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

Posted 2023-05-05

参考技术A 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的。

可以看到，单纯用bowtie2建的索引和rsem调用bowtie2建的索引是不一样的。

用法分为两类，分别是从fa/fq得到表达矩阵，和从sam/bam得到表达矩阵（仍然要求是比对到rsem-prepare-reference生成的索引）。以单端的fq数据为例。

完成之后得到这些文件，其中，rsem.genes.results和rsem.isoforms.results分别表示gene水平和转录本水平的定量结果。每一列含义：

后面用EBseq检验差异基因/转录本时，会使用到这两个文件。

下面以gene水平差异分析为例。

这一步提取上一步得到的每个样本定量结果文件中的expected_count列，组成数据矩阵。

调用EBseq进行检验

控制FDR(错误发现率)来挑选差异基因

将GeneMat.results文件中，PPDE大于0.95的记录提取出来

转录组分析中—用R语言画带基因名标签的PCA主成分分析图

参考技术A

 

 

1. “PCA.data.txt” 为基因表达值矩阵。其中第一列为基因名称，这里以ensembl id作为指代；其余各列记录了RNA-seq获得的各基因在各样本中的表达量信息。

2. “group.txt” 则为样本分组文件，记录了样本所属的不同分组。