megalign序列比较后怎么显示

Posted 2023-04-08

参考技术A MegAlign，ClustalX和MUSCLE三种方法的结果基本相似，差异不大。MegAlign，ClustalX和MUSCLE都属于多序列比对的方法，ClustalX用的是累进算法进行比对，MUSCLE用的是迭代方法进行比对运算， MegAlign是累进和迭带都可以用。累进算法将最接近的序列进行多条序列比对，形成一个初始对比，然后使用动态规划法逐步将远缘序列添加到初始的比对中，序列的亲缘关系由一个两条序列对比所形成的系统发育树决定；迭代方法是基于最优化局部的思想，每一次最优化过程就是迭代过程。累进方法如果在最为相关序列的起始比对中出现的错误会扩展到多条序列的比对中，尤其是起始对比始于两个远缘序列时；迭代方法则通过不断地使用动态规划法重排来纠正这种错误，同时对这些亚类群进行比对以获得所有序列的全局比对。

DNAman 怎么分析序列的酶切位点

参考技术A 将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框.
参数说明如下：
Results 分析结果显示
其中包括：
Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）
Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性）
circular（环型DNA）,dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
参数说明如下：
Enzyme
代表（enzyme data file）,点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项,restrict.enz 和dnamane.enz,
如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名.其中restrict.enz 数据文件包含180 种
限制酶,dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶.选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的 显示框中列出（按酶名称字母表顺序）,鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列 出.要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites）,然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存.自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点.
Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端,其中包括,Blunt（平头末端）,5’Overhang
（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端),系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表 中显示符合条件的酶.最后,点击按钮执行操作.