如何用MEGA7做序列比对？

Posted 2023-04-08

参考技术A 先准备好需要比对的序列，可以是DNA序列，也可以是Protein序列；

进入MEGA7软件首页，点击Align------Edit/Bulid Alignment-------Creat a new alignment-------OK，之后会弹出来一个对话框：

我这里的是rRNA 的16S序列，因此选DNA；如果你的得是氨基酸序列，那选不就选Protein嘛。然后软件会弹出来一个新窗口用来输入你准备好的序列文件，步骤是：点击Data------Open-------Retrieve Sequences from File，之后软件会弹出本地文件选择框，在界面上找到你的序列文件，点击"打开"，你的序列就会显示在屏幕上了，打这里，你已经完成了序列的导入了，是不是很简单呢？你以为完了吗，等等，我们还没有呢做比对呢，咱们继续哈。。。

咱们现在屏幕上的序列还是散乱排列的，建树之间需要把他们对齐了，操作也很简单，点击Alignment---------Align by Muscle，同样会弹出一个对话框，问你是否要用所以的序列进行比对？（下图2），我这里是要用所有的，直接点击OK啦，但如果你的序列多了，也可以回到序列界面选择其中的序列，再来点击比对。 之后会弹出比对参数的对话框（下图3），具体每个条目是什么意思大家自行了解哈，我这里用的是默认值。

比对结果就如下图所示啦：

点击Data------Export Alignment有3种格式可供选择，选择你要的格式就好啦。

这样就完成了序列的比对了，我也是初来乍的新手呀，欢迎大家交流心得~~~3QU!!!...........

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受全局 DNA 序列比对启发的字符串比对

【中文标题】受全局 DNA 序列比对启发的字符串比对

【英文标题】：string alignment inspired by global DNA sequence allignment

【发布时间】：2022-01-23 05:50:01

【问题描述】：

我想做类似的事情：

library(Biostrings)
s1 <-DNAString("ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAG")
s2 <-DNAString("GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC")
pairwiseAlignment(s1,s2)

但使用这样的字符串：

x123 x4531 等

而不是 DNA 字母字符。有没有人知道在 R 甚至 Python 中实现这一目标的包。谢谢！

【问题讨论】：

你能澄清你的字符串是什么意思吗？您是否正在寻找使用任意字母而不是核苷酸/氨基酸的对齐器/字符串比较方法？

请提供你想要的函数的输出

错配总是会产生同样的影响，还是你想要一个像评分矩阵一样的花朵？

感谢@Chris_Rands。请参阅我对您的回答的评论。

【参考方案1】：

Biopython's Align 模块可以接受您选择的字母，例如

>>> from Bio import Align
>>> aligner = Align.PairwiseAligner()
>>> aligner.mode = "global"
>>> aligner.alphabet
'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
>>> aligner.alphabet += "1234567890"
>>> alignments = aligner.align("X123Y", "B12XYXYXYX")
>>> print(alignments[0])
X-123-Y-----
--||--|-----
-B12-XYXYXYX

【讨论】：

谢谢。唯一的问题是我需要的不仅仅是字母表中的字符来捕获 100 个字符串。

@cs0815 可以修改aligner.alphabet 包含其他字符吗？

谢谢。我今天将仔细研究一下。我的理解是，字母表只有“1 个字符元素”——不幸的是，我有 100 个唯一字符（又名字符串），例如：abcd123 和 abcd1234，因此每个元素有几个字符。我还能在这个用例中使用 aligner.alphabet 吗？谢谢！