生信软件BUSCO安装

Posted 2023-05-11

参考技术A 现在得到一个文昌鱼组装基因组。我希望看看它的质量如何，也就是找组装基因组是否包含许多完整基因、以及N50序列是否达标等问题。

我看到网上教程都是自己去搞配置，设置环境变量，但是conda安装难道不香吗？BUSCO官网也给出了conda安装的方法：(最好是重新创造个python=3.8的conda环境）

conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3 

安装好之后，输入busco

emm这是“biopython”出了问题了啊。然后我到上面提到的那个网址搜了一下，发现果然是conda安装的有问题。

这时，只要把biopython从1.78降到1.77就可以了

命令：conda install -y -c conda-forge  biopython=1.77    就可以覆盖安装了，而且神奇的是安装完就可以使用了，输入 busco -h 不会报错。

注：本来想用cegma那个软件，但好像六年前就停止运营了……（bilibili上看的教学视频太久远了）

如果你也遇到了同样的问题，应该会有帮助，不过过一段时间应该就修复这个bug了。

2020 09 15 补充：

这样即使安装上了，也不能使用，会报错。博主又尝试了安装busco 4.0.2的版本，和augustus 3.3.3 版本，发现可以使用。（还是需要biopython = 1.77）

注意这个软件只是看测序质量怎么样，虽然调用了augustus，但是它生成的文件比较乱，想要做从头基因注释，还是再用一次augustus吧！

Conda / Miniconda——软件包管理系统使用

conda是一个非常好的python包管理软件，但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件，更多conda介绍多google。

Miniconda简直就是生信人的福音，尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下：

一、安装Miniconda

   1.1下载

      进入linux系统的目录下，从https://conda.io/miniconda.html下载Miniconda安装包。

                      下载命令：wget -c  https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

     然后在对应目录下看到 miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh文件

                  

     或者  ：从https://conda.io/miniconda.html下载适用的Miniconda安装包，下载到自己window电脑上，然后用Winscp软件上传的到linux对应目录下，也一样。
  2.2 安装

      由于这是bash文件，所以用bash命令安装。

                 安装命令 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

     安装过程出现如下信息：

      

   中间有个步骤需要填 “”“yes”

      

 然后需要确认安装地址，我按了ENTER继续

      

安装完毕后会问要不要配置环境变量，填“”yes“”。随后信息报出安装完毕。

    ，

安装完毕后在目录下有新的目录 miniconda3

    

  最后source命令

                 命令：source   .bashrc 

  完毕后发现conda就可以用，输入conda命令，出现反馈信息，表明conda正式安装完毕：

    

二、使用

    2.1 增加 channels

     此时仍不能使用conda安装软件生信软件，需要添加channels。

       添加bioconda频道 的命令：  conda config --add channels bioconda

       添加  r 语言频道的命令 ： conda config --add channels r

     2.2 使用

      经过添加channels后，就可以安装生信软件了。先安装常用的 fastqc：

                 安装命令 ： conda install fastqc

   conda自动寻找，结果如下：

  

conda自动默认安装软件最新版本。询问要不要安装?这时候填 “”y“”，程序继续自动安装

完毕后进入miniconda3目录下，发现有FastQC目录：

说明安装成功

 

三、其它命令

        查询库中软件的版本： conda search 软件名

        安装指定版本：conda install 软件名=版本号  （conda会卸载之前安装的版本，再重新安装）

        更新版本 ：conda update 软件名

        卸载软件  ：conda remove 软件名

        激活软件 ： source activate 软件名  （把目录添加进环境变量）

        钝化软件： source deactivate  （从环境变量里面 删去 ）

       查看添加的频道 ：conda config --get channels