Conda / Miniconda——软件包管理系统使用
Posted 吴增丁
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了Conda / Miniconda——软件包管理系统使用相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
conda是一个非常好的python包管理软件，但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件，更多conda介绍多google。
Miniconda简直就是生信人的福音，尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下：
一、安装Miniconda
1.1下载
进入linux系统的目录下，从https://conda.io/miniconda.html下载Miniconda安装包。
下载命令：wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后在对应目录下看到 miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh文件
或者 ：从https://conda.io/miniconda.html下载适用的Miniconda安装包，下载到自己window电脑上，然后用Winscp软件上传的到linux对应目录下，也一样。
2.2 安装
由于这是bash文件，所以用bash命令安装。
安装命令 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程出现如下信息：
中间有个步骤需要填 “”“yes”
然后需要确认安装地址，我按了ENTER继续
安装完毕后会问要不要配置环境变量，填“”yes“”。随后信息报出安装完毕。
，
安装完毕后在目录下有新的目录 miniconda3
最后source命令
命令：source .bashrc
完毕后发现conda就可以用，输入conda命令，出现反馈信息，表明conda正式安装完毕：
二、使用
2.1 增加 channels
此时仍不能使用conda安装软件生信软件，需要添加channels。
添加bioconda频道 的命令： conda config --add channels bioconda
添加 r 语言频道的命令 ： conda config --add channels r
2.2 使用
经过添加channels后，就可以安装生信软件了。先安装常用的 fastqc：
安装命令 ： conda install fastqc
conda自动寻找，结果如下：
conda自动默认安装软件最新版本。询问要不要安装?这时候填 “”y“”，程序继续自动安装
完毕后进入miniconda3目录下，发现有FastQC目录：
说明安装成功
三、其它命令
查询库中软件的版本： conda search 软件名
安装指定版本：conda install 软件名=版本号 （conda会卸载之前安装的版本，再重新安装）
更新版本 ：conda update 软件名
卸载软件 ：conda remove 软件名
激活软件 ： source activate 软件名 （把目录添加进环境变量）
钝化软件： source deactivate （从环境变量里面 删去 ）
查看添加的频道 ：conda config --get channels
以上是关于Conda / Miniconda——软件包管理系统使用的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章