生信笔记2-fastqc的安装和使用

Posted 2023-02-25

参考技术A fastqc是查看转录组数据质量的软件

运行结束后生成两个文件一个.html网页文件，一个是.zip压缩文件，只看html网页文件就可以了

Filename：指的是进行质控的文件名

Encoding：指测序平台的版本和相应的编码版本号

Total Sequences：指reads的数量

Sequence length：指测序的长度

%GC 指整体序列中的GC含量

此图中的横轴是测序序列第1个碱基到第151个碱基

纵轴是质量得分，Q = -10*log10（error P）即20表示0.01的错误率，30表示0.001，纵轴值越高代表质量越好

图中红线表示中值

图中蓝色的细线是各个位置的平均值的连线

序列长度为51bp，那么这51个位置每个位置Q值的平均值就是这条reads的质量值

# 该图横轴是0-40，表示Q值

纵轴是每个值对应的reads数目

这个样本数据，测序结果主要集中在30-36中，证明测序质量很好！

横轴是1 - 51 bp；纵轴是百分比

图中四条线代表A T C G在每个位置平均含量

理论上来说，A和T应该相等，G和C应该相等，但是一般测序的时候，刚开始测序仪状态不稳定，很可能出现上图开头的情况。

横轴是0 - 100%； 纵轴是每条序列GC含量对应的数量

蓝色的线是程序根据经验分布给出的理论值，红色是真实值，两个应该比较接近才比较好

当测序仪器不能辨别某条reads的某个位置都是ATCG哪个碱基时，就会产生"N"，对所有reads的每个位置统计N的比率。

每次测序仪测出来的长度在理论上应该是完全相等的，但是总会有一些偏差

比如此图中，51bp是主要的，但是还是有少量的50和52bp的长度

当测序的长度不同时，如果很严重，则表明测序仪在此次测序不成功

统计序列完全一样的reads的频率。横坐标是duplication的次数，纵坐标是duplicated reads的数目

横坐标为reads位置，纵坐标为Adapter序列占比；如果fastqc默认参数会将所有的常见的Adapter都列出

正常情况是趋于0的直线，也就是说序列两端Adapter已经去除干净；如果有Adapter，需要先用cutadapt去接头

https://www.jianshu.com/p/fe6af418a8bc

安装Fastqc软件遇到的坑

由于之前的HPC太难用了，所以决定搬家到十楼的工作站，于是就免不了配置必要的工作环境，其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc，因为它太常用了。

我先是用conda安装，因为conda实在是太方便了，于是命令行：conda install fastqc  后面一路yes下去搞定，果然很顺利。

可是当我准备用的时候，输入命令： fastqc，诶？居然神奇吧的出错了，错误如下：

[email protected]:~/software/FastQC$ ./fastqc 
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

先是各种google，说是DISPLAY的设置问题，设置了一通都不成功。

于是回头看提示里跟java相关，我以为java安装有问题，所以查看了下java：

[email protected]:~/software/FastQC/Templates/Icons$ java -version
openjdk version "1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)

java是安装了的，而且版本还很新，所以java环境应该没有问题。

又以为是conda安装有问题，所以自己安装看看：

自己按照说明安装Fastqc

[email protected]:~/software$ ls
FastQC  fastqc_v0.11.7.zip  miniconda3  ref
[email protected]:~/software$ cd FastQC/
[email protected]:~/software/FastQC$ ls
cisd-jhdf5.jar  fastqc           Help         jbzip2-0.9.jar  LICENSE_JHDF5.txt  net  README.md   RELEASE_NOTES.txt  sam-1.103.jar  uk
Configuration   fastqc_icon.ico  INSTALL.txt  LICENSE         LICENSE.txt        org  README.txt  run_fastqc.bat     Templates
[email protected]:~/software/FastQC$ chmod 755 fastqc ----设置完毕

设置完毕后，运行fastqc看结果：

[email protected]:~/software/FastQC$ ./fastqc 
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

怎么会这样？......................

于是去群里找linux牛人，牛人看了一会之后，建议进入root 下输入如下命令：

[email protected]:~# echo $DESKTOP_SESSION

就问我说操作系统是不是没有桌面，我去问管理员，管理说是server，果然没有桌面！

原来没有安装桌面是java会报错呀！！！............

哎，既然是这个原因，就先让管理员装上图形界面吧，其它后面再说........

我至今都没搞明白为什么没有安装桌面，fastqc就不能正常运行。。。这个机理到底是神马？如果您知道麻烦请留言告诉我！