Miniconda使用体验

Posted 2023-03-25

参考技术A

生信入门的第一步就是要学会安装软件，但有些软件的安装和编译比较麻烦，这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟团里的介绍，linux系统也有这种自动式的安装软件的方式，因此，开始体验使用conda来安装软件。

安装简单，只需要在服务器上运行即可

此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹，并更新下环境变量。

注：如果安装后不想在终端前显示（base）

conda install fastqc(软件名)

which fastqc 查看软件安装位置

conda list 可以查看已安装软件列表，conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。

星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ，输入：

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

如果想要安装列表中的软件，可进入该软件的conda主页，比如cutadapt[ https://anaconda.org/bioconda/cutadapt ]

里面会告诉应该使用什么命令~

安装完后的软件在miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面。

conda config --add channels

查看已经添加的channels

conda config --get channels

conda config --remove channels

conda update conda

conda remove 软件名

source activate 软件名 #把目录添加进环境变量

source deactivate #从环境变量里面 删去

conda info -e

例子：

安装snakemake，snakemake已经整理成Python包，可以直接使用 pip 进行安装，不过需要的Python3的环境，利用 conda 进行安装：

试试 snakemake -h 看看安装成功没有？

但是可能网络会不太好，可能需要多几次进行安装。

参考：

用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ http://www.bio-info-trainee.com/1906.html] ；

http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html 。