生信攻略R，perl，python等软件常见更新设置

Posted 2021-04-17 遗传与生信

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R语言更新源设置：linux定位在~/.Rprofile，windows在安装目录下的/etc/Rprofile

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.libPaths("pwd")     #设置R包安装位置

local({r <- getOption("repos")     #设置CRAN的源

   r["CRAN"] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"   #使用中科大源

   r["CRANextra"] <-"https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"   #使用中科大源

   options(repos=r)})

install.tasks<-function(views){ #对tack view进行检索，已经安装的软件不再安装，未安装的软件手动安装

   library("ctv")

   packages<-read.ctv(system.file("ctv",paste(views,"ctv",sep="."),package="ctv"))

    for(pkg inpackages$packagelist$name){if(length(which(installed.packages() ==pkg))==0){bioclite(pkg)}}

}

bioclite<-function(package){       # 对bioconductor进行设置，利用确认源并安装

   if(length(which((.packages())=="BiocInstaller"))==0) #检查是否已经加载了bioconductor

    {

       source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

       options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")  # 感谢科大，提供了bioconductor唯一的国内源

    }

   if(length(which(installed.packages() == "package"))==0){

       biocLite(package,Ncpu=8)   #使用8个CPU进行编译

    }else{

       print(paste(package," is already installed",sep=""))

    }

}

R包安装：bioclite("ape")

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python源设置：~/.pip/pip.conf

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[global] 

index-url = http://pypi.douban.com/simple # 设置国内最佳源，豆瓣，没错，就是文青的豆瓣

trusted-host = pypi.douban.com           

python包安装：pip install biopython另外，python在安装时增加--ensure-pip-install=yes选项，可以共存python2.7和3.6，使用pip2.7和pip3.6分别管理2.7和3.6的安装包

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perl源设置：~/.cpan/CPAN/MyConfig.pm

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修改MyConfig.pm文件中的urllist为：

'urllist' => [q[http://mirrors.aliyun.com/CPAN/]]

perl包安装：cpan bioperl

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从此，生信软件安装不求人，默默的安装在自己的路径下面