使用包 vegdist 在 R 中执行 NMDS 时出错

Posted 2023-04-18

【中文标题】使用包 vegdist 在 R 中执行 NMDS 时出错

【英文标题】：Error when performing an NMDS in R using package vegdist

【发布时间】：2013-05-19 18:54:41

【问题描述】：

我正在尝试在 R 中使用 vegan 包在一个数据集上执行 NMDS，该数据集将图作为列，物种计数作为列。我的数据采用文本文件格式（制表符分隔）并包含大量“0”物种计数。但是，当我尝试创建距离矩阵时，我收到以下错误消息：

bray <- vegdist(data1, method = "bray")                              

警告信息： 1：在 vegdist(data1, method = "bray") 中： 你有空行：它们的不同之处在“bray”方法中可能没有意义 2：在 vegdist(data1, method = "bray") 中：结果中缺少值

这会阻止我执行 NMDS：

nmds <- metaMDS(data1, k = 2, 
+           distance = 'bray', autotransform = FALSE)

if (any(dist

我该如何解决这个问题？

感谢您的回答！

【问题讨论】：

第一个只是警告，而不是错误，所以你需要解释是什么让你认为你被“阻止”了应用进一步的功能。如果您提供来自dput(varespec) 的输出，我们或许可以想出一种方法来删除空项。

【参考方案1】：

某些列仅包含 0 个计数。删除这些使其工作