我应该为nmds使用什么类型的矩阵

Posted 2021-03-29

我尝试使用R中的NMDS分析我的数据。我的矩阵在行下列出了物种名称，列列为各个站点。我在某些网站下有零。我正在比较不同地点的物种丰富度。如果我删除行上的物种标题，它只允许我使用以下代码。

我试图使用的代码是这段代码：

 BirdMatrix<-read.csv("BirdMatrix.csv")
 install.packages("vegan")
 library(vegan)
 community_matrix<-as.matrix(BirdMatrix, ncol=8, nrow=62)
 example_NMDS=monoMDS(community_matrix, # Our community-by-species matrix
              k=2) # The number of reduced dimensions

但我不断得到一个错误：

monoMDS出错（community_matrix，k = 10）： 'dist'必须是距离对象（类“dist”）或对称方阵

我必须以某种方式更改矩阵吗？

答案

可能你已经弄明白了，你需要在纯素包中使用vegdistfunction。例如：dist.bird <- vegdist( Birdmatrix, method ="bray")