使用 Bray-Curtis 的 nMDS - 分组绘图

Posted 2023-04-18

【中文标题】使用 Bray-Curtis 的 nMDS - 分组绘图

【英文标题】：nMDS using Bray-Curtis - plotting in groups

【发布时间】：2020-09-09 09:41:17

【问题描述】：

我的 nMDS 图有问题。我已经运行了 nMDS 并使用下面的脚本绘制了数据，但我似乎无法根据我的四种不同的治疗选项将其按颜色和/或形状分组。谁能看到我哪里出错了？最后一个情节是空的。

library("vegan")

data_1 <-Spp_Abund[,4:10]
data_2 <-Spp_Abund[,1:3]

nMDS <-metaMDS(data_1, distance = "bray", k=2)

plot(nMDS)

co=c("red", "blue", "green", "black")
shape=c(1,2,3,4)

plot(nMDS$points, col=co[data_2$Treatment], pch=shape[data_2$Treatment], cex=1.2, main="", xlab="axis 1", ylab="axis 2)

任何帮助将不胜感激。

谢谢

【问题讨论】：

我的数据正在查看 7 个物种（第 4:10 栏）。我有 16 个站点（16 行），按 4 种不同的处理方式分类（第 3 列）

【参考方案1】：

最后一个参数“ylab”有不闭合的引号。

您需要先将形状转换为数字，然后才能传递它。所以这应该有效：

plot(nMDS$points, col=co[data_2$Treatment], pch=shape[as.numeric(data_2$Treatment)], cex=1.2, main="", xlab="axis 1", ylab="axis 2")

或者，您可以使用 ggplot2，如下例所示： https://jkzorz.github.io/2019/06/06/NMDS.html

祝你好运！