nmds bray-curtis 相异指数中的 x 和 y 轴代表啥？（Vegan package R）

Posted 2023-04-18

【中文标题】nmds bray-curtis 相异指数中的 x 和 y 轴代表啥？（Vegan package R）

【英文标题】：What does the x and y axis represents in the nmds bray-curtis dissimilarity index?(Vegan package R)nmds bray-curtis 相异指数中的 x 和 y 轴代表什么？（Vegan package R）

【发布时间】：2018-02-23 05:14:57

【问题描述】：

graph 显示了 3 个处理的杂草分布（用颜色表示）。通过谷歌搜索，我发现该图介于 0 和 1 之间，其中 0 表示站点（治疗）具有相同的组成（即它们共享所有物种），1 意味着站点不共享任何物种。

但是 x 和 y 轴代表什么？为什么需要二维？

谢谢

【参考方案1】：

看看这个link。

NMDS 排序将您的数据随机放置在 2D 空间中，然后迭代地改进它们的排序距离（间距）以更接近地表示它们在相异性指数中的距离。轴本质上是任意的，但以最能代表它们不同之处的方式显示您的数据。图上靠得更近的点更相似（不相似）。

【讨论】：

所以放在2D空间来改善它们的间距？非常感谢先生。

我不会说要改善间距，而是要以简单的视觉格式表示所有变量中样本的不同之处。您可能需要进行某种形式的指标分析来识别与您的治疗相关的物种（即那些导致图表上数据分离的物种）。如果是这样，请查看labdsv::indval()

NMDS对此有清晰的思路；它尝试在 k 维度中定位站点，以使排序空间中站点之间距离的 rank order 尽可能接近 rank order 网站之间的原始差异。通过压力统计测量“尽可能接近”。

你为什么使用 NMDS？

@JariOksanen 我想查看我的样本在三种处理中的分布情况。我们做了一些管理实践，想看看它是否对杂草群落有任何影响。我的数据集有空值。