使用mafft进行多序列比对

Posted 2023-04-08

参考技术A

多序列比对（多序列联配，Multiple sequence alignment， MSA） 是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质分子的氨基酸序列或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。这样做的意义是，对齐的碱基或氨基酸残基在进化上是同源的，即来自共同祖先（common ancestor）。

多序列比对的软件有很多，最常用的多的序列比对软件是 clustalw 。 有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。

使用了之前注释的水稻基因组数据，将其转换成蛋白质文件，

使用conda安装mafft，输入mafft,显示版本信息

按照软件要求输入信息，

成功运行

How to alignment by MAFFT

MAFFT比对快速且准确，常用做序列之间比对。

MAFFT官方下载地址

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

下载适合自己电脑的MAFFT版本，打开mafft.bat，操作界面如下：

 

将需要比对的FASTA格式的文件（以filename.fas为例）放入MAFFT根目录文件夹（我的是mafft-win）中，在@后输入文件名filename.fas，如下：

 

回车，输入 输出的文件名（这里命名为filename1.fas），如下：

 

回车，输入4（设置输出文件格式为Fasta format），如下：

 

回车，输入1（一般设置alignment策略为自动），如下：

 

回车。接着设置附加参数，但是一般不设置附加参数，可直接再回车，如下：

 

 

 

输入Y后，回车，开始比对。中途若停止，按住Enter键，直至比对完。比对完的文件也保存于根目录中。