How to alignment by MAFFT

Posted 2020-11-26 laolululu

MAFFT比对快速且准确，常用做序列之间比对。

MAFFT官方下载地址

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

下载适合自己电脑的MAFFT版本，打开mafft.bat，操作界面如下：

 

将需要比对的FASTA格式的文件（以filename.fas为例）放入MAFFT根目录文件夹（我的是mafft-win）中，在@后输入文件名filename.fas，如下：

 

回车，输入 输出的文件名（这里命名为filename1.fas），如下：

 

回车，输入4（设置输出文件格式为Fasta format），如下：

 

回车，输入1（一般设置alignment策略为自动），如下：

 

回车。接着设置附加参数，但是一般不设置附加参数，可直接再回车，如下：

 

 

 

输入Y后，回车，开始比对。中途若停止，按住Enter键，直至比对完。比对完的文件也保存于根目录中。