多序列比对并建树－ClustalW

Posted 2023-05-16

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了多序列比对并建树－ClustalW相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

参考技术A 软件使用：

ClustalW 提供了两种操作方式：
1、键盘交互的菜单界面
2、命令行方式
由于命令行模式参数比较长，看起来也比较复杂，
我们主要介绍键盘交互的菜单界面运行方式。
运行culstal W，
我们看到会弹出一个窗口。
各选项含义如下，2、3、4 分别代表了该软件的三个功能：多序列比对、基于已有剖面的比
对、构建进化树。
按照提示选择不同的选项将得到你需要的结果。
1 输入待比对序列；
2 进行多序列比对；
3 进行基于已有剖面（profile）的比对；
4 构建进化树；
S 执行非clustalw 的系统命令；
H 打开帮助文件；
X 退出程序；

1、输入 ./clustalw2 或者　clustalw 进入交互模式　　　　

2、选择1 并输入文件名字或者文件路径和名字
注：比对序列需放在一个文件夹中

4、如果要修改输入格式，则点9

5、若要输出格式为phylip，则点4，并关闭1

6、按下回车，后退

7、选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile，所以这里直接改名字infile，并退出软件即可
进入phulip 软件的　exe　文件, 并将刚才比对结果infile 的路径移到exe中。

1、最大似然

直接输入./proml ，输入y进行确定参数，得到两个文件，outtree 和outfile，若想图形化，则将outtree 改为outtree.tre 可在mega上查看

2、临接法

先输入./protdist. 计算各个序列中两两序列的距离，得到距离矩阵。将该结果文件改名为infile，并进行临接法构进化树，方法为；输入./neighbor.用同样的方法可以在mega上查看图像

MAFFT 进行多序列比对

简介

最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。

安装

 1 $ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-src.tgz
 2 $ tar zxf mafft-7.158-without-extensions-src.tgz
 3 $ cd mafft-7.158-without-extensions/core
 4 $ perl -p -i -e ‘s#PREFIX =.*#PREFIX = /opt/biosoft/mafft#‘ Makefile
 5 $ perl -p -i -e ‘s#BINDIR =.*#BINDIR = /opt/biosoft/mafft/bin/#‘ Makefile
 6 $ make
 7 $ make install
 8 $ echo ‘PATH=$PATH:/opt/biosoft/mafft/bin/‘ >> ~/.bashrc
 9 $ source ~/.bashrc
10 
11 检测软件是否正确安装
12 $ cd ../test
13 $ rehash                                                   # if necessary
14 $ mafft sample > test.fftns2                               # FFT-NS-2
15 $ mafft --maxiterate 100  sample > test.fftnsi             # FFT-NS-i
16 $ mafft --globalpair sample > test.gins1                   # G-INS-1
17 $ mafft --globalpair --maxiterate 100  sample > test.ginsi # G-INS-i
18 $ mafft --localpair sample > test.lins1                    # L-INS-1
19 $ mafft --localpair --maxiterate 100  sample > test.linsi  # L-INS-i
20 $ diff test.fftns2 sample.fftns2
21 $ diff test.fftnsi sample.fftnsi
22 $ diff test.gins1 sample.gins1
23 $ diff test.ginsi sample.ginsi
24 $ diff test.lins1 sample.lins1
25 若 diff 的结果不换回异常，则正确安装。