在 R 中下载 WGCNA 包时出现安装问题

Posted 2023-05-07

【中文标题】在 R 中下载 WGCNA 包时出现安装问题

【英文标题】：Installation problem while downloading WGCNA package in R

【发布时间】：2019-10-02 13:22:05

【问题描述】：

我正在尝试下载 WGCNA 包并收到以下错误。

我按照https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/的指示进行操作

install.packages("WGCNA")

我特别收到以下“install.packages 中的警告：安装包‘WGCNA’的退出状态非零”。

> install.packages("WGCNA")
Package which is only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘WGCNA’
Do you want to attempt to install these from sources? (Yes/no/cancel) Yes
installing the source package ‘WGCNA’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/WGCNA_1.68.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1166156 bytes (1.1 MB)
==================================================
downloaded 1.1 MB

* installing *source* package ‘WGCNA’ ...
** package ‘WGCNA’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package ‘WGCNA’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/WGCNA’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘WGCNA’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/4_/d5qjrrgj25j2v73z3jwcyj600000gn/T/RtmpaRft6B/downloaded_packages’

【问题讨论】：

你安装了 XCode 吗？

不，我没有。需要吗？

是的，因为您是从源代码安装的。见#4 of the FAQs on WGCNA。您可以找到说明：在Mac OS section here 上设置 XCode。

刚刚安装完 Xcode。我仍然收到同样的信息。

【参考方案1】：

仅安装 Xcode 并不会安装所有命令行工具。您可以通过运行将它们安装在终端中：

xcode-select --install

它在我的机器上修复了它。