R语言安装包时遇到的坑

Posted 2023-05-10

参考技术A

安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，方便自己和他人查看

到这里已经没太有耐心了，然后开始查原因，后面应该加一个 type = "binary"
再试一下

成功解决，安装 XML 时同样也是这个问题 ，跟上面是一种解决方式

安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了

解决办法

解决：去 lib_PATH下把lock文件删掉

这里是 问题 5 的 参考

老版本R，在这里MARK以下

虽然讨论了一些R包安装问题，但这应（jue）该（dui）不会是我最后一次安装报错，以后再遇到会更新的

R语言安装包时遇到arch - i386错误时解决方案

安装DWD包时遇到以下问题（因为在CRAN中不存在此包）

 

错误如下：

* installing *source* package ‘DWD‘ ...

** 成功将‘DWD‘程序包解包并MD5和检查

** libs

 

*** arch - i386

Warning: 运行命令‘make -f "Makevars" -f "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.3/etc/i386/Makeconf" -f "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.3/share/make/winshlib.mk" SHLIB="DWD.dll" OBJECTS="mexMatvec_c.o mexexpand_c.o mexqops_c.o mexschurfun_c.o mextriang_c.o mextriangsp_c.o"‘的状态是127

ERROR: compilation failed for package ‘DWD‘

* removing ‘C:/Users/Jeannie/Documents/R/win-library/3.3/DWD‘

Warning messages:

1: 运行命令‘"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\Jeannie\Documents\R\win-library\3.3" "C:/Users/Jeannie/AppData/Local/Temp/RtmpmCxtPX/downloaded_packages/DWD_0.11.tar.gz"‘的状态是1 

2: In install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/DWD/DWD_0.11.tar.gz",  :

  安装程序包‘C:/Users/Jeannie/AppData/Local/Temp/RtmpmCxtPX/downloaded_packages/DWD_0.11.tar.gz’时退出狀態的值不是0

 

 

解决方案：安装Rtools

、下载Rtools
Rtools的下载点是：
Please choose a CRAN mirrornear you, and follow the "Download R for Windows" link to
< CRAN mirror>/bin/windows/Rtools
找到CRAN镜像的网址：
China
http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/ CTEX.ORG 
http://cran.csdb.cn/ Computer Network Information Center, CAS, Beijing 
http://mirror.bjtu.edu.cn/cran Beijing Jiaotong University, Beijing 
http://cran.dataguru.cn Dataguru (a, Guangzhou 
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ University of Science and Technology of China 
http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/ Xiamen University 

在网址后面添加/bin/windows/Rtools 即可
比如： http://cran.csdb.cn/bin/windows/Rtools/
我们下载最新版：Rtools215.exe

2、安装Rtools
安装的过程很傻瓜，不过有一点要注意：这个选项必须要选中，否则不会自动添加环境变量的

安装完成之后，打开一个cmd窗口，输入gcc --help，无误则说明环境变量设置正确。有的时候需要重启计算机，环境变量才生效
注意：我安装的Rtools是没有perl和TeX的

3、编写包

假设我们有自定义函数f1和f2以及数据矩阵d1，将其做成package，名字为test1，使用package.skeleton会在工作路径下自动生成package的框架。如下所示： 
setwd("D:/RData/workdir") 
f1 <- function(aa){return (aa)} 
f2 <- function(aa){return(aa+2)} 
d1 <- matrix(1:6,2,3) 
package.skeleton(name="test1", list=c("f1","f2","d1")) 

我们会在D:\RData\workdir内发现新生成了文件夹test1，里面包含data、man和R三个子文件夹以及DESCRIPTION和Read-and-delete-me这两个文件。其中Read-and-delete-me可以通过文本工具打开阅读后删除，DESCRIPTION可以参照标准的规范进行修改后保存（不做修改也不影响正常运行）。data文件夹保存数据（本例中对应d1），R文件夹保存函数（本例中对应f1和f2），man文件夹存放.Rd文件，用来生成帮助文件。我们只需要修改每个.Rd文件就行，用文本工具打开并定位到“title”开头这一行，写入该函数或者数据的名称即可（比如d1），保存关闭。其实按照标准的做法，下面的description和examples之类的都要补全，但是只有title是必须补全的，否则编译会出错。 

修改title这块：
原始数据是：
\title{
What the package does (short line)
~~ package title ~~
}
我修改为：
\title{
my test r package
}

4、编译包

打开CMD，定位到D:\RData\workdir，进行编译，如下所示：
D:
cd D:\RData\workdir
Rcmd build test1
注意：如果没有把R语言的路径添加到环境变量中，运行Rcmd是会报错的，这时有两个办法：
A。把Rcmd.exe所在路径添加到系统路径中
B。运行时添加Rcmd.exe的全路径，比如：
"C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386\Rcmd.exe" build test1

运行之后，查看D:\RData\workdir 目录下多了一个文件：
test1_1.0.tar.gz
（注意，按照之前帖子里的说法是运行Rcmd build --binary test1 之后会生成zip文件，但是我添加了--binary参数之后报错，最终生成的也是tar.gz格式的，不知道是为什么）
tar.gz格式的无法RGui环境中直接添