What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa)

Posted 2020-10-28 Digital-LI

这是一个很细节也很实际的问题，到底用哪个版本？

参考：

What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa)

 

大部分都推荐使用soft-mask版本的，也就是没有把repeat替换为N。