adaptation|domestication|genome evolution|convergent evolution|whole-genome shotgun sequencing|IHGSC

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Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online

 

因为基因组不是独一无二的,同时人类基因组可以组为参考数据,所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据,所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的内在机制,以此来预测和调节疾病。

两种方式获得人类基因组:方式一:多级策略:(IHGSC)工程量巨大(因为工程量巨大,所以急需的测序技术(新且造价低)),使用了BAC克隆同时高coverage(准确率高,数量大)。方式二:whole-genome shotgun sequencing:(数量小)。

(IHGSC)The International Human Genome Sequencing Consortium

 

Sanger测序可以获得高质量数据,eg:测定的小鼠数据可以帮助理解小鼠家系,查看序列精度高。这种技术对未来的研究产生深远影响。

 

虽然造价高昂,但是sanger测序仍旧是得到高质量序列的主流方式。所以获得了大量动物序列数据,这有利于人类基因组的编码蛋白质的基因的调整(利用比较基因组学的方式)。

虽然人类基因组预估的序列还是远少于测定序列,但是我们因此获得了更多基因规律:编码蛋白质基因占比很少,但是功能且保守基因占比比它多(因为保守有功能基因中不能编码蛋白质的基因被认为是调节原件,这些元件帮助理解发育和代谢过程)。

 

该综述讨论如何用比较基因组学方式(利用脊椎动物基因组(讲解关于脊椎动物模型和非模式生物的例子))解决1.生物学问题2.人类基因组注释3.濒危动物保护

 技术图片

 

 

该树在本来模式生物的基础上,加入了环境适应模型(adaptation),驯化(domestication),基因组演化(genome evolution)趋同进化(convergent evolution),tree加入了遗传距离和时间尺度,并指出早期不同调控元件的进化快慢,测序技术的大规模使用使得treeclad越来越大。

在演化生物学中,趋同演化(英语:Convergent evolution)指的是两种不具近缘关系的生物长期生活在相同或相似的环境(或曰生态系统)中,因应需要而发展出相同功能的器官(即同功器官)的现象。

 

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