adaptation|domestication|genome evolution|convergent evolution|whole-genome shotgun sequencing|IHGSC

Posted 2022-02-13 yuanjingnan

Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online

 

因为基因组不是独一无二的，同时人类基因组可以组为参考数据，所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据，所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的内在机制，以此来预测和调节疾病。

两种方式获得人类基因组：方式一：多级策略：(IHGSC)工程量巨大（因为工程量巨大，所以急需的测序技术（新且造价低）），使用了BAC克隆同时高coverage（准确率高，数量大）。方式二：whole-genome shotgun sequencing：（数量小）。

(IHGSC)：The International Human Genome Sequencing Consortium

 

Sanger测序可以获得高质量数据，eg：测定的小鼠数据可以帮助理解小鼠家系，查看序列精度高。这种技术对未来的研究产生深远影响。

 

虽然造价高昂，但是sanger测序仍旧是得到高质量序列的主流方式。所以获得了大量动物序列数据，这有利于人类基因组的编码蛋白质的基因的调整（利用比较基因组学的方式）。

虽然人类基因组预估的序列还是远少于测定序列，但是我们因此获得了更多基因规律：编码蛋白质基因占比很少，但是功能且保守基因占比比它多（因为保守有功能基因中不能编码蛋白质的基因被认为是调节原件，这些元件帮助理解发育和代谢过程）。

 

该综述讨论如何用比较基因组学方式（利用脊椎动物基因组（讲解关于脊椎动物模型和非模式生物的例子））解决1.生物学问题2.人类基因组注释3.濒危动物保护

 

 

 

该树在本来模式生物的基础上，加入了环境适应模型（adaptation），驯化（domestication），基因组演化（genome evolution）趋同进化（convergent evolution），tree加入了遗传距离和时间尺度，并指出早期不同调控元件的进化快慢，测序技术的大规模使用使得tree的clad越来越大。

在演化生物学中，趋同演化（英语：Convergent evolution）指的是两种不具近缘关系的生物长期生活在相同或相似的环境（或曰生态系统）中，因应需要而发展出相同功能的器官（即同功器官）的现象。