CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|

Posted 2022-10-17 yuanjingnan

生命组学：

泛基因组学：用于描述一个物种基因组，据细菌基因组动力学，因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大，（单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss，而人类基因组，在个体角度两个人之间基因组差异不到1%，主要是SNP，所以CRISPR/Cas9也由细菌得来），所以转而收集同一细菌物种中所有菌株中所有基因的并集。

微生物基因组可塑性是细菌基因突变的基础，可以是环境改变使得基因的得到和丢失，由于寄居在宿主上导致基因丢失，细菌与另外生物的互作导致基因组中基因的增多。最终导致表型发生变化。

方法：比较基因组学

具体的说，1.可以通过自己VS自己找到相同share的部分，以此定义旁系同源基因构建2.利用演化树找到share区，通过gain&loss情况找到重要功能基因

Core gene也就是保守序列，可以通过演化树表明在某个时间点加入，或早或晚。最小基因set是能保证生存的最少基因组。必须基因通过人为的实验设计得到，它具有条件依赖性（即在某种条件下是必须的），通常可应用在制药领域。 

元基因组与泛基因组之间的关系，Population----pan genome；Community----meta genome，泛基因组的范围更加广，宏基因组仅局限于某个种群。

鉴定直系同源基因：

1.blast 参数2.双向最优匹配原则3.通过做物种A和物种B的演化树，根据其分支的位置是否一致或相似，来判断是否是直系同源基因。 

tools：

寻找种间同源个体的tools：InParanoid&orthoMCL&PanOCT（其利用共线性，算法是CGN；其他位置上的基因是相似的，推得未知是区域直系同源）

CVTree3是细菌选择分类tool 

如今，重测序之后得到更大的数据量，据此得到更准确的分类。

随时间流逝，闭合泛基因组是新基因组增长曲线呈下降趋势的基因组，开放泛基因组是增长曲线呈上升趋势的基因组。