使用MySQL客户端登录Ensemble数据库查询相关信息

Posted 2020-12-05 青蛙快飞

 

Ensemble公共mysql数据库

对于大量数据和更详细的分析，Ensemble的MySQL服务器ensembldb.ensembl.org，useastdb.ensembl.org或asiadb.ensembl.org，可以以匿名方式访问。 第三台服务器martdb.ensembl.org提供对BioMart数据库的公共访问。 如果您对人体GRCh37装配的数据感兴趣，只能在ensembldb.ensembl.org上获得（参见下面的连接细节）。

从Ensembl数据库中检索数据有两种选择：

Perl API

Perl API（详细）

MySQL客户端

使用MySQL客户端登录Ensembl数据库需要了解使用的复杂数据库模式的知识。另外还要注意，数据库MySQL查询不支持检索序列; 要检索序列，请使用Perl API。

Server	User	Password	Port(s)	Version	Notes
ensembldb.ensembl.org	anonymous	-	3306 & 5306	MySQL 5.6.33	From Ensembl 48 onwards only
useastdb.ensembl.org	anonymous	-	3306 & 5306	MariaDB 10.0.30	Current and previous Ensembl version only
asiadb.ensembl.org	anonymous	-	3306 & 5306	MariaDB 10.0.30	Current and previous Ensembl version only
martdb.ensembl.org	anonymous	-	5316	MariaDB 10.0.30	From Ensembl 48 onwards only
ensembldb.ensembl.org	anonymous	-	3337	MySQl 5.6.33	Databases for archive GRCh37 - release 79 onwards
ensembldb.ensembl.org	anonymous	-	4306	MySQL 4.1.20	Up to Ensembl 47 only
martdb.ensembl.org	anonymous	-	3316	MySQL 4.1.20	Up to Ensembl 47 only

Ensembl API

Ensembl API支持多种语言GET或POST请求访问，返回json或xml格式的信息。

参考资料

Ensembl