利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区国家洲的频率及个数

Posted 2020-09-10 橙子牛奶糖

首先，进入千人基因组数据库的网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

如下图所示，在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP，比如rs608139 

搜索后出现如下界面，黄色区域是我们感兴趣的SNP，红色框框是不同国家和地区在该SNP对应的频率和个数。

千人基因组数据库包括的国家和地区如下表所示。

国家	Continent	Population (Abb)
中国，北京	Asian	CHB
日本,东京	Asian	JPT
中国,南方	Asian	CHS
越南	Asian	KHV
来自英国的印度泰卢固语人	Asian	ITU
孟加拉	Asian	BEB
中国傣族，西双版纳	Asian	CDX
来自英国的斯里兰卡泰米尔人	Asian	STU
古吉拉特印度人，来自休斯敦，德克萨斯	Asian	GIH
巴基斯坦	Asian	PJL
秘鲁	South America	PEL
芬兰	Europe	FIN
美国洛杉矶人，墨西哥祖先	North America	MXL
犹他州(CEPH)，来自欧洲北部和西部的血统	North America （ Europe ancestry）	CEU
托斯卡尼	Europe	TSI
来自英国和苏格兰的英国人	Europe	GBR
来自麦德林的哥伦比亚人，哥伦比亚	South America	CLM
在西班牙的伊比利亚人	Europe	IBS
波多黎各	North America	PUR
非洲血统的美国人	North America(African Ancestry)	ASW
非洲加勒比地区	America	ACB
冈比亚人	Africa	GWD
埃桑人，尼日利亚	Africa	ESN
肯尼亚	Africa	LWK
在塞拉利昂（非洲）曼德人	Africa	MSL
约鲁巴人，尼日利亚	Africa	YRI