luogu[1140]相似基因

Posted 2020-08-19 AronQi

题目背景

大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸，简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。

题目描述

两个基因的相似度的计算方法如下：

对于两个已知基因，例如AGTGATG和GTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：

那么相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：

相似度为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

输入输出格式

输入格式：

共两行。每行首先是一个整数，表示基因的长度；隔一个空格后是一个基因序列，序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。

输出格式：

仅一行，即输入基因的相似度。

输入输出样例

输入样例#1：

7 AGTGATG
5 GTTAG

输出样例#1：

14

#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<memory.h>
using namespace std;
inline int dmax(int x,int y){
    if(x>y)
        return x;
    return y;
}
inline int pro(char c){
    if(c==‘A‘)
        return 1;
    if(c==‘C‘)
        return 2;
    if(c==‘G‘)
        return 3;
    if(c==‘T‘)
        return 4;
    return 5;
}
const int N=101;
const int sim[7][7]={
    {0,0,0,0,0,0},
    {0,5,-1,-2,-1,-3},
    {0,-1,5,-3,-2,-4},
    {0,-2,-3,5,-2,-2},
    {0,-1,-2,-2,5,-1},
    {0,-3,-4,-2,-1,0}
};
int ls,lt,f[N][N],s[N],t[N];
char c1[N],c2[N];
int main(){
    scanf("%d%s%d%s",&ls,c1,&lt,c2);
    for(int i=0;i<ls;i++)
    s[i+1]=pro(c1[i]),
    f[i+1][0]=sim[5][s[i+1]]+f[i][0];
    for(int j=0;j<lt;j++)
    t[j+1]=pro(c2[j]),
    f[0][j+1]=sim[5][t[j+1]]+f[0][j];
    for(int i=1;i<=ls;i++)
    for(int j=1;j<=lt;j++)
    f[i][j]=dmax(f[i-1][j-1]+sim[s[i]][t[j]],dmax(f[i-1][j]+sim[5][s[i]],f[i][j-1]+sim[5][t[j]]));
    printf("%d\n",f[ls][lt]);
    return 0;
}