[samtools] 文本查看语法，浏览SNP/INDEL位点

Posted 2020-08-19 萧飞IDO

　　santools可以作为文本查看工具，查看比对结果文件，下面做一简单介绍：

　　1. 通过BWA比对获取sam比对文件，也可以将fastq文件转化为bam/sam文件；

　　2. 转换sam文件为bam文件，samtools view -bS seq.sam > seq.bam

　　3. 对bam文件进行排序，samtools sort seq.bam -o seq.sorted.bam

　　4. 对bam文件进行index，samtools index seq.sorted.bam

　　5. 查看比对结果文件，samtools tview seq.sorted.bam ref.fasta

注：

　　所有的帮帮助说明都可以在官方网站查阅：

　　http://www.htslib.org/doc/samtools.html

　　https://github.com/samtools/hts-specs