samtools view 使用小结

Posted 2023-04-28

参考技术A

samtools是常用的对sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以实现查看序列、sam-bam文件转换、过滤序列等功能。下面用实际的例子简单介绍个人使用samtools view过程中的一些经验。

如果只是查看sam文件的序列比对结果的前几行，可以用该命令简单的查看.

默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。

-b ：声明输出为bam格式的文件。
-h ：保留sam文件的header（如果有的话），header信息常包括比对的参考基因组的染色体信息和比对的命令
-@ ：指明使用的线程数

以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数

-q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列

另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于：
-f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ）
-F ：保留除了该flag值以外的所有序列（相当于 grep -v ）

对于单端测序的比对结果

因此，假设我们需要取比对上的reads，可以使用 -F 4

或者取出比对不上的reads（前提是比对软件也输出了比对不上的reads）

对于双端测序的比对结果

这里提供一个小工具可以快速查询flag值所对应的含义， https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html

在左下侧的框中勾选会给出相应的flag值
在上方搜索栏中输入数值会在右侧给出flag值对应的含义。

如果bam文件已经使用 samtools index 建好index的话，可以输出特定染色体坐标内的reads

如果想取出多个染色体区域的reads的话，就不再建议使用上述的方法了，可以使用 bedtools 之类的工具根据bed文件进行提取。对samtools view命令的简单介绍就到此结束，以后使用有心得再作更新。

完。

比对工具之 samtools 使用方法

samtools 格式详解

 

局部组装常用命令及其参数

$samtoolsdir/samtools view [email protected] $NP -Sb $out/bwamem_$sample.sam -o $out/bwamem_$sample.bam
[email protected]

-S

-b

-o
$samtoolsdir/samtools sort [email protected] $NP $out/bwamem_$sample.bam -o $out/bwamem_$sample.sorted.bam

$samtoolsdir/samtools index $out/bwamem_$sample.sorted.bam

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

参考资料:

SAMtools官网

SAM Spec v1.4 SAM格式说明文件

samtools-1.3.1 使用手册