samtools软件的使用

Posted 2021-01-01 djx571

1）samtools简介
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背景：前面我们讲过sam/bam格式，sam文件虽然是可读的文本文件形式，但是通常是非常大，因此一般会对其压缩来节省磁盘空间，且对于很多软件来说，相比于对sam文件，对bam文件进行处理更加有效。SAMtools 是一款优秀的用以解析、处理sam/bam格式文件的一种软件包工具。其详细的文档可以在其官网里面找到。它主要包含以下功能：

1、格式转换(convert from other alignment formats)
2、排序 ，合并(sort and merge alignments）
3、 去除PCR重复( remove PCR duplicate)
4、call SNP和indels( call SNPs and short indel variants)
5、数据提取(data extraction)
6、可视化（show alignments in a text-based viewer

2）用法和命令
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像许多linux命令一样，SAMtool命令遵循流模型，允许将多个命令组合到数据处理管道中。标准流（stdin，stdout和stderr）， 发送到stdout的数据默认打印到屏幕上，但很容易使用普通的Unix重定向器（>和>>）重定向到另一个文件，或通过管道（|）重定向到另一个命令。

SAMtools 命令的基本用法是： samtools <command> [options]

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