基因组文库名词解释

Posted 2023-05-17

参考技术A 问题一：基因组文库 基因组文库是指某个体全部基因的文库，部分基因文库是指某生物特定基因的文库，有专一性，便于取样或者PCR扩增。

问题二：基因文库是什么？ 将整个基因组或基因组的一部分进行酶切以后。将所有的片段连入特定的质粒，然后转入一般是细菌或酵母内，所构成的一个不同大哗和片段组成的 *** 就是基因文库

问题三：什么叫亚基因组文库？ 10分 只查到 亚基因组 和 基因组DNA文库，可以参考以下
什么是基因组DNA文库？
基因组DNA文库构建是先从生物体中制备基因组DNA，并用限制性内切酶切割产生一定长度范围的DNA片段，然后在体外将这些DNA片段与适当的λ噬菌体载体或柯斯载体连接成重组的DNA分子，并转化到大肠杆菌受体细胞中，从而完成构建。 基因组文库的建立要比cDNA基因文库的建立来的简单多，而且不容易造成基因遗漏。但从基因组DNA文库分离目的基因也遇到一些麻烦，特别是要获得一个大分子量的目的基因。
披膜病毒科（Togavride）病毒，其下4个属，其中一个属是甲病毒属（Alphavirus）,其Genome是单链（+）RNA,其单独即可引起完整的复制周期。而其Genome 3’末端后1/3编码数种病毒结构Propeins,含4100个核苷,这一区域也称为亚基因组mRNA(subenomic RNA),或称为26S mRNA,此区域编码病毒结构蛋白,即病毒颗粒多肽成分。风疹病毒（Rubella virus,RUV）Genome为单链RNA,其Genome3’第6389位核苷酸至亚基因组RNA（subgenomic RNA,24S RNA）起始位点。Sindis virus的基因组的相应区域参与亚基因组RNA的合成。RUV基因组的24 S RNA由3327个核苷酸组成（不包括PolA尾），其5’末端和3’末端同样具有帽状结构和PolA尾,而且被甲基化。24 S RNA与病毒基因组3’相对应，编码病毒的3个结构蛋白，其排列顺序为5’―C―E2―E1―3’。
披膜病毒科（Togavride）病毒，其下4个属，其中一个属是甲病毒属（Alphavirus）,其Genome是单链（+）RNA,其单独即可引起完整的复制周期。而其Genome 3’末端后1/3编码数种病毒结构Propeins,含4100个核苷,这一区域也称为亚基因组mRNA(subenomic RNA),或称为26S mRNA,此区域编码病毒结构蛋白,即病毒颗粒多肽成分。风疹病毒（Rubella virus,RUV）Genome为单链RNA,其Genome3’第6389位核苷酸至亚基因组RNA（subgenomic RNA,24S RNA）起始位点。Sindis virus的基因组的相应区域参与亚基因组RNA的合成。RUV基因组的24 S RNA由3327个核苷酸组成（不包括PolA尾），其5’末端和3’末端同样具有帽状结构和PolA尾,而且被甲基化。24 S RNA与病毒基因组3’相对应，编码病毒的3个结构蛋白，其排列顺序为5’―C―E2―E1―3’。
亚基因组
披膜病毒科（Togavride）病毒，其下4个属，其中一个属是甲病毒属（Alphavi功us）,其Genome是单链（+）RNA,其单独即可引起完整的复制周期。而其Genome 3’末端后1/3编码数种病毒结构Propeins,含4100个核苷,这一区域也称为亚基因组mRNA(subenomic RNA),或称为26S mRNA,此区域编码病毒结构蛋白,即病毒颗粒多肽成分。风疹病毒（Rubella virus,RUV）Genome为单链RNA,其Genome3’第6389位核苷酸至亚基因组RNA（subgenomic RNA,24S RNA）起始位点。Sindis virus的基因组的相应区域参与亚基因组RNA的合成。RUV基因组的24 S RNA由3327个核苷酸组成（不包括PolA尾），其5’末端和3’末端......>>

问题四：基因组文库的文库最小值 一个理想的基因组文库要有足够多的克隆子数，以保证所有的基因都在克隆子群体中。为了获得某种基因需要构建的基因组文库的最小值可按下面的经验公式估算：N=ln（1-P）/ln（1-f）公式中，N表示基因组文库必须的克隆子数；P表示文库中目的基因出现的频率，一般情况下，期望值为99%，即0.99；f是克隆的DNA片段平均大小与基因组大小的比值。

问题五：基因文库的来源 基因文库包括基因组文库和部分基因文库。将含有某种生物不同基因的许多DNA片段，导入受体菌的群体中储存，各个受体菌分别含有这种生物的不同的基因，称为基因文库。
一个基因文库中应包含的克隆数目与该生物的基因组的大小和被克隆DNA片段的长度有关。原核生物的基因组较小，需要的克隆数也较少；真核生物的基因组较大，克隆数需相应增加，才能包含所有的基因。此外，每一载体DNA中所允许插入的外源DNA片段的长度较大，则所需总克隆数越少；反之则所需数越多。如果一个基因文库的总克隆数较少，则从中筛选基因虽然比较容易，但给以后的分析造成困难，因为片段的长度增加了。如果要使每一克隆中的DNA片段缩短，就须增加克隆数，所以在建立基因文库前应根据研究目的来确定 DNA片段的长度和克隆的数目。L.克拉克和J.卡邦在1975年提出一个统计学的公式来计算某一基因文库中所应包含的克隆数目。在建立基因文库时，任何一个DNA片段都是在随机的基础上被克隆的。在公式中，P 是从建成的基因文库中可能选出某一基因的概率，这一数字由工作者根据需要选定。基因文库中每一克隆所含外源DNA片段的平均长度，可根据该生物基因组大小和所用载体可容纳的外源 DNA片段的长度决定。G是该生物基因组的大小，基因组大小和DNA片段长度的单位可用道尔顿或碱基对表示。N 是这一基因文库所应包含的克隆数目。

学基因之illumina介绍

illumina技术：

　　工具：flowcell(流动池)：8通道，每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上)，这引物和文库中的接头互补

　　　　    Flowcell：8个line，，line：上下两个表面，，面：3个扫描通道swath，，swath：16个方块tile

　　文库制作：超声打断DNA，用酶补平，用Klenow酶加碱基，用连接酶 在双端 加特定接头，形成DNA混合物 称为DNA文库。

　　　　特点1，中间为待测序列；

　　　　特点2，两端接头序列人工加上去，已知，大有文章可做。

　　桥式PCR：把文库种到芯片上，扩增

　　　　种文库：引物接头互补，会互补杂交，完成种文库。加入dNTP和酶  沿着作为模板的文库 生成一条新DNA链，与要测的链完全互补。

　　　　　　　　加NaOH碱溶液，解链，冲走文库模板链，留下刚生成的链(因为其长在芯片上)，加中和液，弯曲 接头另一端与芯片上另一种引物互补杂交

　　　　扩增：加入dNTP和酶 ，合成出一条新链，加碱解链，加中和液中和，弯曲互补杂交，，，重复之。。

　　制备单链：通过把其中一个引物上一个特定集团切掉，加碱解链，水冲，只留一半的 某一种引物连接DNA链，

　　正式测序：加入两种东西，一是带荧光标记的dNTP，其3‘端堵住了；二是聚合酶。每次只能加上一个碱基，后停止。水冲。激光扫描 推断碱基。这个推断的与要测的片段完全一致，都是与芯片上的模板互补的。

　　　　　　    一个循环后，加入化学试剂，切掉3‘叠氮集团和荧光集团。。下一轮……

　　index (即barcode)：每个样本有特定的接头，每个接头里有一段特定序列——index。用于标记样本的来源。

　　　　　　　先把测完序的Read1解链掉，加入中性液，，加入Read2引物  这个引物就在index序列旁，开始第二轮测序 读取index，一般6-8bp

　　双端测序：正向读一遍，从另一个方向再读一遍。方法：先用桥式合成一个互补链，后把自己切掉，冲走，让互补链再测长度的另一半。

　　　　　　　解答：本链在芯片上，互补链是从上到下(3‘-->5‘)方向合成 测序，，，，桥式合成互补链后，互补链的上端种在芯片上 成了下端，

 　　　　　　　　　　　　　　　　  互补链从下到上(3‘-->5‘)，那用它测序时 还是从上到下(3‘-->5‘)，与原来方向一致 3‘-->5‘也不违背。只是base calling时要取互补。

 

　　phasing 和 prephasing：每次反应，各种原因，总有少量分子没有完成参加反应，下次反应时发的荧光就与大部队不一样，形成噪音；或遇到一个3‘没有叠氮集团的碱基 一次加入了两个碱基，就超前了，又是噪音。

　　chastity 和 Pass filter：对荧光纯粹程度的描述。Chastity的定义，就是浓度最高的那个荧光素的量，除以浓度第二的荧光量，》=1.5，则为好碱基。

　　　　　　　　　　　　  对每个read的质量都要做一个叫“pass filter”的检验。看前25个碱基当中，如果只有一个、或者没有坏碱基，则Pass filter就通过；如果有超过一个以上的坏碱基，Pass filter就不能通过。