Homer预测共表达基因的motif

Posted 2023-04-15

参考技术A 主要用到homer中的 findMotifs.pl 命令：
findMotifs.pl 可以分析基因的启动子，并寻找相对于其他启动子而言富含目标基因启动子的motif。即提供一个基因list的txt文件，例如受到某一处理上调的基因，特定于某种细胞类型的基因或出现在同一基因表达集合中的基因。

用法：findMotifs.pl downregulated.genes.txt human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8
3个需要设定的输入: A gene ID input file, the name of the promoter set (which is tied to an organism), and an output directory for all of the output files.
解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹
例子：

结果：

相应的promoter或者genome安装：
查看可以安装的文件：perl /path-to-homer/configureHomer.pl -list
安装或者卸载： "-install <package name>" or "-remove <package name>".
如：
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human
安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human-p

参考： http://homer.ucsd.edu/homer/microarray/index.html

motif分析软件-----Homer的安装

1.下载相关程序：

网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html

下载其中名为configureHomer.pl的文件。

2.新建文件夹：homer

mkdir homer

3.将刚下载的pl文件移至Homer文件夹中：

mv configureHomer.pl homer

4.开始安装Homer软件：

Perl /home/lmt/desktop/homer/configureHomer.pl -install (根据自己的confihureHomer.pl所在的路径更改)

5.老生常谈，将可执行的二进制文件的路径添加至环境变量文件中

vi ~/.bashrc

6.在.bashrc文件的最后一行加上一下内容：

export PATH=/home/lmt/desktop/homer/bin:$PATH

7.激活刚刚添加的环境变量文件：

source .bashrc

8.