联合使用PrediXcanMetaXcan基于GWAS结果预测靶基因及特异性组织的表达（又名全转录组分析Transcriptome-Wide AnalysisS）

Posted 2020-12-11 chenwenyan

PrediXcan , SPrediXcan，MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。

主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因，弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。

下面是这几个工具的工作流程：

今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具进行全转录组分析（Transcriptome-Wide Analysis）

该工具最大的优点是不需要个体水平的基因型数据和表型数据，只需要提供GWAS的summary统计文件就可以预测影响表型的靶基因。

缺点是对电脑的配置要求比较高。

1、配置MetaXcan环境

下载、解压MetaXcan：

wget https://github.com/hakyimlab/MetaXcan/archive/master.zip
unzip master.zip
cd MetaXcan-master/software/

使用conda配置MetaXcan的环境（没安装conda的请自行安装后再做这一步）：

conda env create -n MetaXcan -f conda_env.yaml

激活MetaXcan

conda activate MetaXcan

2、配置gwasimputation环境

下载、解压gwasimputation：

wget https://github.com/hakyimlab/summary-gwas-imputation/archive/master.zip
unzip master.zip 

配置环境：

conda env create -n gwasimputation -f conda_env.yaml
conda activate gwasimputation
conda install -c conda-forge pyliftover=0.4
conda install -c conda-forge pandas=0.25.3
conda install -c conda-forge scipy=1.4.1
conda install -c conda-forge numpy=1.18.1
conda install -c conda-forge bgen_reader=3.0.2
conda install -c conda-forge cyvcf2=0.20.0
conda install -c conda-forge pyarrow=0.9.0 

各位仔细观察的话，会发现我指定了安装包的版本。

建议各位严格安装这个教程的版本安装，不然后面会出现各种因版本过高或过低的报错。

3、下载、解压测试数据

nohup wget https://zenodo.org/record/3657902/files/sample_data.tar?download=1 &
tar -xvpf sample_data.tar?download=1

解压以后，会出现如下的数据：

gwas文件夹包含GWAS结果文件的测试数据cad.add.160614.website.txt.gz；

完成以上工作以后，我们就可以开始分析数据啦！

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以下是全转录组分析的流程

4、协调GWAS文件的坐标（hg19坐标统一为hg38）

原始GWAS结果文件cad.add.160614.website.txt.gz的格式如下所示：

我们可以看到，这个文件的坐标是hg19版本的，但MetaXcan的最新版是hg38，因此我们需要先将GWAS结果文件cad.add.160614.website.txt.gz的坐标转为hg38。

这里面，我们需要先定义几个文件夹：

GWAS_TOOLS=/chenwenyan/software/gwas-imputation-master/src #步骤二的gwas-imputation-master的路径
DATA=/chenwenyan/anaconda2/envs/gwasimputation/data/data #步骤三下载的测试数据的路径
OUTPUT=/chenwenyan/test #这个自己定义：输出文件的路径

注意，以上路径用的是我自己的路径（比如/chenwenyan/software/gwas-imputation-master/src），不要照搬。请修改成你自己的路径。

定义完路径以后，在输出文件夹$OUTPUT（我的示例是/chenwenyan/test）下新建一个文件夹创建文件夹harmonized_gwas，输入命令：mkdir harmonized_gwas

随后，创建一个test.sh的文件，输入命令：

vi test.sh

在test.sh文件输入以下内容：

#!/bin/bash
GWAS_TOOLS=/chenwenyan/software/gwas-imputation-master/src #gwas-imputation-master的路径
DATA=/chenwenyan/anaconda2/envs/gwasimputation/data/data #下载的测试数据的路径
OUTPUT=/chenwenyan/test #输出文件的路径
python $GWAS_TOOLS/gwas_parsing.py -gwas_file $DATA/gwas/cad.add.160614.website.txt.gz -liftover $DATA/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz -snp_reference_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.txt.gz METADATA -output_column_map markername variant_id -output_column_map noneffect_allele non_effect_allele -output_column_map effect_allele effect_allele -output_column_map beta effect_size -output_column_map p_dgc pvalue -output_column_map chr chromosome --chromosome_format -output_column_map bp_hg19 position -output_column_map effect_allele_freq frequency --insert_value sample_size 184305 --insert_value n_cases 60801 -output_order variant_id panel_variant_id chromosome position effect_allele non_effect_allele frequency pvalue zscore effect_size standard_error sample_size n_cases -output $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz

GWAS结果文件的染色体用数值表示，不要用chr+数值的方式

GWAS文件格式必须是gz压缩格式，分隔符为tab

运行：sh test.sh

顺利的话，会输入以下信息：

生成的新文件如下所示：

如截图的红框所示，此时坐标已变为hg38了。

5、对gwas结果文件进行imputation

先在输出文件夹$OUTPUT（我的示例是/chenwenyan/test）下新建一个文件夹summary_imputation,输入命令：mkdir summary_imputation

随后输入如下命令进行imputation：

GWAS_TOOLS=/chenwenyan/software/gwas-imputation-master/src
DATA=/chenwenyan/anaconda2/envs/gwasimputation/data/data
OUTPUT=/chenwenyan/test
python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py -by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz -gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz -parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet -parquet_genotype_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet -window 100000 -parsimony 7 -chromosome 1 -regularization 0.1 -frequency_filter 0.01 -sub_batches 10 -sub_batch 0 --standardise_dosages -output $OUTPUT/summary_imputation/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz

出现如下页面说明顺利运行了：

上面示例只是对一号染色体上的第一个批次进行imputation，我们实际上要进行220次（22条染色体*10个批次）循环imputation。

因此跑完上面流程以后，需要继续跑剩下的119次imputation。

需要修改的地方有$DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet、-chromosome 1 、-sub_batch 0、$OUTPUT/summary_imputation/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz

$DATA/reference_panel_1000G/chr1.variants.parquet修改的数值是chr1，chr2，chr3，……，chr22；

-chromosome 1 修改的数值是：1,2,3，……，22；

-sub_batch 0修改的数值是：0,1,2,……，9；

$OUTPUT/summary_imputation/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr1_sb0_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz是输出文件，建议修改chr1_sb0为对应的染色体和批次。

举个例子，我现在想跑3号染色体的第十个批次，那么脚本应该如下所示：

GWAS_TOOLS=/chenwenyan/software/gwas-imputation-master/src
DATA=/chenwenyan/anaconda2/envs/gwasimputation/data/data
OUTPUT=/chenwenyan/test
python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py -by_region_file $DATA/eur_ld.bed.gz -gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz -parquet_genotype $DATA/reference_panel_1000G/chr3.variants.parquet -parquet_genotype_metadata $DATA/reference_panel_1000G/variant_metadata.parquet -window 100000 -parsimony 7 -chromosome 3 -regularization 0.1 -frequency_filter 0.01 -sub_batches 10 -sub_batch 9 --standardise_dosages -output $OUTPUT/summary_imputation/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_chr3_sb9_reg0.1_ff0.01_by_region.txt.gz

6、合并220个批次的数据

输入如下命令：

GWAS_TOOLS=/chenwenyan/software/gwas-imputation-master/src
DATA=/chenwenyan/anaconda2/envs/gwasimputation/data/data
OUTPUT=/chenwenyan/test
python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation_postprocess.py -gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz -folder $OUTPUT/summary_imputation -pattern CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.* -parsimony 7 -output $OUTPUT/processed_summary_imputation/imputed_CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz

和上面一样，路径不要照搬我的，请修改成你自己的路径。

正常运行的话，会出现如下界面：

7、使用单个组织预测基因表达

在输出文件夹$OUTPUT（我的示例是/chenwenyan/test）下新建一个文件夹spredixcan,输入命令：mkdir spredixcan

在spredixcan文件夹下新建文件夹eqtl，输入命令：mkdir eqtl

建完后，输入如下命令：

DATA=/chenwenyan/anaconda2/envs/gwasimputation/data/data
METAXCAN=/chenwenyan/software/MetaXcan-master/software
python $METAXCAN/SPrediXcan.py --gwas_file  $OUTPUT/processed_summary_imputation/imputed_CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz --snp_column panel_variant_id --effect_allele_column effect_allele --non_effect_allele_column non_effect_allele --zscore_column zscore --model_db_path $DATA/models/eqtl/mashr/mashr_Whole_Blood.db --covariance $DATA/models/eqtl/mashr/mashr_Whole_Blood.txt.gz --keep_non_rsid --additional_output --model_db_snp_key varID --throw --output_file $OUTPUT/spredixcan/eqtl/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE__PM__Whole_Blood.csv

正常运行的话，会出现如下界面：

8、使用多个组织预测基因表达

在输出文件夹$OUTPUT（我的示例是/chenwenyan/test）下新建一个文件夹smultixcan，输入命令：mkdir smultixcan

在smultixcan文件夹下新建文件夹eqtl，输入命令：mkdir eqtl

python $METAXCAN/SMulTiXcan.py --models_folder $DATA/models/eqtl/mashr --models_name_pattern "mashr_(.*).db" --snp_covariance $DATA/models/gtex_v8_expression_mashr_snp_covariance.txt.gz --metaxcan_folder $OUTPUT/spredixcan/eqtl/ --metaxcan_filter "CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE__PM__(.*).csv" --metaxcan_file_name_parse_pattern "(.*)__PM__(.*).csv" --gwas_file $OUTPUT/processed_summary_imputation/imputed_CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE.txt.gz --snp_column panel_variant_id --effect_allele_column effect_allele --non_effect_allele_column non_effect_allele --zscore_column zscore --keep_non_rsid --model_db_snp_key varID --cutoff_condition_number 30 --verbosity 7 --throw --output $OUTPUT/smultixcan/eqtl/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE_smultixcan.txt

9、结果演示

生成的结果如下所示：

结果文件标题所代表的意思：
gene: Ensembl id;

gene_name: HUGO gene name;

Z-score: S-PrediXcan‘s association result for the gene;

pvalue: P-value of the aforementioned statistic;

var_g: variance of the gene expression, calculated as W‘ * G * W (where W is the vector of SNP weights in a gene‘s model, W‘ is its transpose, and G is the covariance matrix);

pred_perf_r2: R2 of tissue model‘s correlation to gene‘s measured transcriptome (prediction performance); pred_perf_pval: pval of tissue model‘s correlation to gene‘s measured transcriptome (prediction performance);

n_snps_used: number of snps from GWAS that got used in S-PrediXcan analysis;

n_snps_in_cov: number of snps in the covariance matrix;

n_snps_in_model: number of snps in the model.

结果文件的pvalue值超过Bonferroni correction的阈值就说明该结果有意义。

Bonferroni correction定义：0.05/（N个基因*M个组织）