在heatmap和heatmaply R软件包中进行聚类

Posted 2021-05-03

我正在使用R heatmaply包来生成交互式热图。我喜欢该软件，但是我想从中获得与使用pheatmap包相同的群集（行和列的顺序）。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？提前致谢。 Arturo

P.S。我最近问了另一个有关颜色输出的类似问题，即不是聚类，而是在这里得到了很好的回答：R heatmaply and pheatmap output

答案

这里是一种解决方案，可以按heatmaply中的顺序排列pheatmap的列和行：

phtmap <- pheatmap(scale(mtcars))
heatmaply(scale(mtcars), Rowv=phtmap[[1]], Colv=phtmap[[2]], revC=TRUE)

[C0的输出pheatmap

和的输出heatmaply