R热图和热图输出

Posted 2023-01-20

我正在使用R heatmaply包来生成交互式热图。我喜欢该软件，但我想从中获得与使用pheatmap包相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？提前致谢。Arturo

答案

您可以使用formals()获得默认的颜色参数pheatmap()。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后将heatmaply()的颜色参数设置为相同的参数：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col)

注意，颜色功能brewer.pal()来自RColorBrewer包装，因此您需要预先安装并加载::或library()。