aiway转录组pipline

Posted 2021-01-05 djx571

一） 安装流程软件

下载软件，配置环境变量，这里不做介绍

二)下载原始数据

2.1）建SRR_Acc_List.txt文件放置将要下载的SRR号(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP033351)

#查看step1脚本的内容:cat step1_download_rawdata.sh
echo start at time 
cat /home/jxdong/airway/doc/SRR_Acc_List.txt |while read id ;do (prefetch  ${id} &);done
echo finish at time 
##投递脚本
nohup bash step1_download_rawdata.sh &
##如果下载速度很慢的话，用下面的命令杀掉：
#ps -ef |grep prefetch|awk ‘{print $2}‘|while read id ;do kill ${id};done

结果：该步骤会自动生成一个文件夹里面放置的下载的数据：/home/jxdong/ncbi/public/sra

l -lh /home/jxdong/ncbi/public/sra