如何将上百个gene symbol 转换成gene ID

Posted 2023-03-24

如果是想将ucsc的gene ID转化为gene symbol，需要从ucsc下载一个两者的对应关系，方法如下：
UCSC->Table->clade(Mammal)->genome(Human)->assembly(GRch37/hg19)->group(Genes and Gene Prediction Tracks)->track(RefSeq Genes)->table(kgXref)->output format(selected fields from primary and related tables)->get output->select "kgID" and "geneSymbol", than get output.
有了这个对应关系之后，可以自己写程序去对应。 参考技术A 是啊！

详细一点说，就是：

1. 首先你得给出 gene symbol 的列表，已经他们的出处
2. 如果有可能的话，试试到相应的数据库那个 Search 一下

我估计可能需要用到 BioPerl，当然要是你有本地的对应表，
在本地用 Perl 做，也就是几行代码的事情

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