gene ID转换（gene ID转为protein ID） pathway注释 string数据库的方法

Posted 2020-11-16 zypiner

gene  symbol转换为protein ID：

参考资料：https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/11171058.html

工具网站：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

 

David数据库的详细用法说明：

https://david.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary

 

GSEA的用法

选择“Molecular Signatures Database”和“Investigate gene sets”。看到输入gene标识的输入框。

输入gene 列表，最多不超过2000个。

选择各种数据库，比如：KEGG、GO、Hallmark gene sets等。

一定记得选择物种！一定记得选择物种！Species：Human   Mouse

q_value可以设置0.1 或者0.05（默认）。

点击“Compute overlaps”即可。

 

String数据库：

https://string-db.org/cgi/input.pl?sessionId=wNQljxzwVv2e&input_page_show_search=on

选择“Multiple proteins”，在右边的框中输入gene symbol，选择物种（小鼠：Mus Musculus；人：Homo species）。点击“search”。

进入新的页面后，点击“continue”。看到生成的蛋白互作图。

可以看到该图的Legend，还可以导出该图。