GO(Gene Ontology)
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了GO(Gene Ontology)相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
参考技术A Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇,后来广泛用于计算机领域,发挥了很重要的作用,再后来这个概念被引入生物领域。gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物(果蝇、小鼠和酵母)基因组的研究者共同发起。是生物信息分析中很重要的一个方法
go是在生物领域应用非常广,可以帮助生物学家对基因产物进行准确的定义(功能、位置),节省时间。
因为在最开始的时候,生物学家们更多是专注于自己研究的物种/课题,而且每个生物学家对功能等的定义是存在差异的,导致不同实验室/物种不能实现直接的对接(比如A物种内的x基因的功能使用的是a这个词汇进行注释,而B物种内的x基因的功能却使用的是与a同义的词汇b进行注释,这种情况计算机无法识别),就像讲两种语言的人,无法直接进行语言交流。这种情况导致的问题是,出现了一种阻碍,让问题复杂化了。所以就有了Ontology在生物领域中的应用,实现“书同文”。
go定义了基因/基因产物的功能(通过术语)且定义了它们各自之间功能是怎样联系的(关系)。它组成了一个具有大量term的词汇库,并定义各种term之间的关系(is_a part_of R)。
GO通过三个方面的术语对基因/基因产物的功能进行描述:分子功能(molecular function) -由基因/基因产物行使的分子水平上的功能; 细胞组件(cellular component)-基因/基因产物产生功能时其在细胞结构上的位置;生物学过程(biological process)-在哪个生物学通路/生物过程发挥作用。
目前,GO 注释主要有两种方法:
(1)序列相似性比对(BLAST):例如blast2go(将blast结果转化为GO注释)
(2)结构域相似性比对(InterProScan)
blast2go的本地化教程:
在blast2go软件正确安装的情况下,使用blast2go进行go注释,出现无法得到注释结果的问题:
另外还有可能出错的原因是,blast2go无法识别blast高的版本号,当使用高版本的blast的时候,直接将版本号给修改为低版本的就行了,例如(BLASTX 2.2.25+)
GO 的图形是一个有向无环图
以上是关于GO(Gene Ontology)的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章