GO 数据库

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了GO 数据库相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

GO官网:http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/

 

先说Ontology的含义:

Ontology:某领域内的知识的正式、规范的描述。它通常由一些class/term/concept之间的关系组成。

 

Gene Ontology主要描述了biological domain的三个方面(即3个ontologies)的知识:

Molecular Function(分子功能):

  该term描述分子水平上的活动(这些活动有gene products执行),比如,催化、转运。该term描述的是activity,而不是entity(如:分子、复合体)。

  一般情况下,该term描述单个基因产物(如,a protein/RNA)产生的activity,但是,有一些activity也是多个基因产物组成的复合体执行的。比如,broad functional term: catalytic activity催化活性,transporter activity转运活性,narrow functional term: adenylate cyclase activity腺苷酸环化酶活性 or Toll-like receptor bindingToll样受体结合。

  为了区分该term与基因产物,该term一般用“..activity”字样。比如:蛋白激酶产物在该term中被记为蛋白激酶活性。    

Cellular Component(细胞组件):

  该term描述基因产物行使功能的位置,比如,细胞内的一个部分(如线粒体)、大分子复合物(如ribosome核糖体)。

Biological Process(生物学过程):

  该term描述多个molecular activity完成的larger processes、biological program,比如,DNA repair、signal transduction。更具体的term是:pyrimidine nucleobase biosynthetic process嘧啶碱基合成过程、glucose transmembrane transport葡萄糖跨膜转运。

  注意:一个BP过程不代表一个pathway。GO不用BP过程来描述整个pathway。

 

举例:

基因产物“cytochrome c细胞色素C”,它的MP是“oxidoreductase activity氧化还原酶活性”、BP过程是“oxidative phosphorylation氧化磷酸化”、CC是“mitochondrial matrix线粒体基质“。

 

这三个ontologies的关系:

1. GO有三个ontologies,而不是一个。每个ontology都有一个root term。这三个ontology的root term不相关、不重叠。

这三个ontologies之间不存在 is a的关系。它们之间存在part of或者regulate的关系。比如,MF term ‘cyclin-dependent protein kinase activity’ 是BP ‘cell cycle’的一部分。

 

 

GO不区分物种。

 

GO classes,也叫GO terms。

 

为什么注释时通常只选BP过程呢?为什么不选MP呢?

答:个人理解MP是单个分子的功能,BP过程更有意义吧。

 

 

以上是关于GO 数据库的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

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