生物信息学ATAC-seq流程及代码分析复现文章

Posted 2022-01-06 爱做饭的电饭煲

1:ATAC-seq的定义及用途 what is

ATAC-seq 全称是 Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing 即借助Tn5转座酶对开放染色质区域进行高通量测序

1. 主要原理：
   Tn5 转座酶可以对染色质开放区域DNA切割并添加测序接头，然后进行高通量测序就取得了开放染色质区域的测序数据。与其他技术比较(DNase-Seq, FAIRE-Seq) ATAC-seq 需要的细胞数目更少，同时实验步骤更简单耗时更少，高通量也是一个优点一次性取得了所有的开放染色质区域。

2. 大致流程
   

2: ATAC-seq的用途

- ATAC-seq是一种用来检测染色质可及性的的测序方法，即确定基因表达调控机制的方法。它有以下常见用途：

• 1.帮助识别启动子区域、潜在的增强子或抑制子。
  （1）启动子是靠近转录起始点(TSS)的DNA区域。它包含转录因子的结合位点，这些转录因子将招募RNA聚合酶。
  （2）增强子是可位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域。当 转录因子与增强子结合，并与启动子区域接触时，该基因的转录增加。相反，抑制子会减少或抑制基因的表达。

• 2.生成表观基因组图谱

• 3.得到在不同组织或不同条件下对应可及性区域。

• 4.得到核小体位置，鉴定重要转录因子

• 5.生成转录因子结合区域的特征(footprinting)

3:实操ATAC-seq(代码分析及复现文章) how to do

1.Data analysis

2.Quality control

3.Alignment and filter

4.Mitochondrial reads

5.PCR duplicates

6.Merging BAMs

峰的解析：
In a normal ATAC-seq library, you should expect to see a sharp peak at the <100 bp region (open chromatin), and a peak at ~200bp region (mono-nucleosome), and other larger peaks (multi-nucleosomes).