【Linux】生物信息软件安装过程

Posted 2023-04-30

参考技术A

小炒：搜索 “conda cheatsheet”
好处：

添加channel
channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。

创建软链接 ,相当于在桌面创建了快捷方式： ln -s
例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin
搜索生信软件
https://bioconda.github.io/ -availiable packages
Tips

二进制版本
以 ncbi-blast ,\'sra-toolkit\',\'hisat2\'为例

预编译版本

以 zlib 为例，samtools依赖的软件。

tree 的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看 Read me 。

三部曲解读：

如果没有root权限要解决软件依赖的问题：
https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220
修改makefile的变量名

python包软件管理工具

conda 安装deeptools
deeptools在python2下表现更好。

链接：
1. http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html
2. http://www.bio-info-trainee.com/2092.html

举两个例子：

参考：
bilibili：zhougengxu
https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

003-Linux下jdk安装过程

注意：rpm 与软件相关命令 相当于 window 下的软件助手 管理软件

1 查看当前 Linux 系统是否已经安装 java

1)在命令窗口输入,可以查看系统自带的OpenJDK版本信息。

java -version

2）在命令行输入命名也可以查看linux系统已经安装的java文件

rpm -qa | grep java

命名解释：rpm -qa | grep java

rpm 　　管理套件    

-qa 　　使用询问模式，查询所有套件

grep　　查找文件里符合条件的字符串

java 　　查找包含java字符串的文件

2 卸载Linux系统已经安装的的两个openjdk

1） 输入命令 rpm -e --nodeps 要卸载的软件

 rpm -e --nodeps 要卸载的软件名称

noarch文件可以不用删除

命令解释：

rpm 　　　　管理套件  

-e　　　　　删除指定的套件

--nodeps　　不验证套件档的相互关联性

3 上传jdk到Linux系统直接在远程连接工具上完成

4 在usr/local下创建java安装目录

5 解压 jdk 到/usr/local/java下

已经解压到了指定的文件夹下

6 修改文件名字

原来的有点太长，名称修改短一些而已。

7 配置环境变量

1在命令行键入：vim /etc/profile 进入文件 --- 命名模式

vim /etc/profile

命令说明：

vim　　　　　　文本编辑

/etc/profile　　　全局变量文件

进入文本编辑状态下，光标走到文件最后一行，键盘按下i： -----编辑模式   --》编辑文件

i

将下面的内容代码粘贴进去：

注意：JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk1.7  这个是你的java文件的安装目录。

#set java environment
JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk1.7
CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib.tools.jar
PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
export JAVA_HOME CLASSPATH PATH

粘贴进去之后，按ESC进入底行模式

输入：  然后输入wq写入并保存

 

8 让刚刚设置的环境变量生效

 键入下面的命令：

source /etc/profile

9 检验是否配置成功

到这里，Linux下的JDK就安装成功了。

 10 卸载提示

1、主要是看你之前是如何安装的，如果是使用的安装包中的rpm安装包，那么就只要rpm -qa | grep java然后卸载相关的rpm包即可。
2、如果是使用sun（oracle）的源码包安装的，可以参考sun（oracle）的提供的方法进行卸载。
3、如果是直接使用的编译包部署的，只需要将环境变量中的java相关的配置删除掉，然后删除部署的编译包即可。