R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

参考技术A

ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:

org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:

举例:

以上是关于R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

R语言GEO数据挖掘-功能富集分析

GEO数据挖掘小尝试:(三)利用clusterProfiler进行富集分析

RclusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

R语言数据分析之ClusterProfiler

非模式物种的注释