R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
参考技术AID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
举例:
以上是关于R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
GEO数据挖掘小尝试:(三)利用clusterProfiler进行富集分析