R语言数据分析之ClusterProfiler

Posted 2021-04-18 蛋白组学数据分析

ClusterProfiler，该R包是由南方医科大学 余光创教授开发，版本也在不断更新，实现了 GO和KEGG等分析，同时可进行数据可视化。本文就主要分享一下GO和KEGG分析，以human为例（ 其他物种的信息请参考最下方的参考资料），代码如下：

library(xlsx)library(ggplot2)library(stringr)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)#根据分析的物种选择
setwd("D:/Rfiles/RLanguage/Clusterprofiler")
gene <- read.table("gene.txt",header=T,sep="	")
#ID转换ID <- bitr(gene$Name, fromType="SYMBOL", toType="ENTREZID", OrgDb="org.Hs.eg.db")#OrgDb修改成相应的分析物种，后续类似
#GO分开进行富集BP <- enrichGO(ID$ENTREZID, "org.Hs.eg.db", keyType = "ENTREZID",ont = "BP",pvalueCutoff = 0.05,pAdjustMethod = "BH",qvalueCutoff = 0.1, readable=T)
MF <- enrichGO(ID$ENTREZID, "org.Hs.eg.db", keyType = "ENTREZID",ont = "MF",pvalueCutoff = 0.05,pAdjustMethod = "BH",qvalueCutoff = 0.1, readable=T)
CC <- enrichGO(ID$ENTREZID, "org.Hs.eg.db", keyType = "ENTREZID",ont = "CC",pvalueCutoff = 0.05,pAdjustMethod = "BH",qvalueCutoff = 0.1, readable=T)
#pathway分析ekk <- enrichKEGG(ID$ENTREZID, keyType = "kegg", organism = "hsa", pAdjustMethod = "BH", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, minGSSize = 2)
#geneID转gene Symboly <- setReadable(ekk, 'org.Hs.eg.db', keyType = "ENTREZID")#ekk根据情况改成BP、MF、CC，主要是看想要导出哪个结果
c(nrow(y))
write.xlsx(y, sheetName = "KEGG", file = "result.xlsx")#这里的KEGG根据情况改成BP、MF、CC
#柱形图与气泡图展示barplot(KEGG, showCategory = 15, title = "Enrichment Pathway")#title可修改成BP、MF、CC、Pathway# Save as PDF, 12*10 inches
dotplot(KEGG, showCategory = 15, title = "Enrichment Pathway")#title可修改成BP、MF、CC、Pathway# Save as PDF, 9*8 inches

• 数据准备：

在excel中将差异数据形成一列，首行命名为Name，如图1所示，随后文件导出成txt格式（ excel格式也可以，代码暂时没有去调整），将文件放在目录 "D:/Rfiles/RLanguage/Clusterprofiler"下。

图1 数据准备

运行代码 ：ctrl+ENTER键。注意进行GO、KEGG分析时，需要改动相应的代码，上述代码中 #部分也进行了提示。

导出的结果包括Excel表格、气泡图和柱形图，目前R已经更新到4.0.2版本，注意R和R包的更新。

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• 往期生信分析导航：

下一篇文章分享STRING数据库得出的结果使用Cytoscape软件优化分析，本人周期性劳作，不定时更新，欢迎 评论区及公众号留言相互交流学习， 看完希望给个三连（ 关注、转发、评论） 。

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• 参考资料：

南方医科大学余光创教授

http://portal.smu.edu.cn/jcyxy/info/1084/2203.htm

ClusterProfiler，该R包版本在不断更新，实现了GO和KEGG等分析，同时可进行数据可视化。

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息

https://cloud.tencent.com/developer/article/1625246