bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。软件的安装可以使用conda，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13
vcf里面的突变如果没有按照染色体的位置排序，在后续的生成index的时候会报错，因此需要先将生成的突变按照染色体的位置进行排序
需要建立vcf的文件的索引，用于后续分析
这里假设有3个文件，分别是 Breast_1.vcf.gz， Breast_2.vcf.gz和 Breast_3.vcf.gz，我们想知道每一个突变在这3个样本中是否出现
在merge这个文件夹下面，将会生成site.txt这个文件。
bcftools合并vcf文件
见命令：
bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz
参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge
以上是关于bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
python vcf2tsv - 脚本生成一个bcftools调用，该调用将输出VCF中所有可用的INFO和FORMAT列。