KEGG COMPOUND 数据库

Posted 2021-07-17 修罗神天道

kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子，生物大分子和其他类型的化学物质，采用C number 进行标识，比如C00047,  代表L-赖氨酸。除了名称等信息外，还存储了该物质的化学结构和其他相关信息；

对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库

http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08001.keg

包括有机酸, 脂类， 碳水化合物， 核酸，肽链，维生素和辅助因子，类固醇，激素和递质，抗生素共9大类别；

看下每条记录的详细信息，以甲酸C000为例

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:C00058

上面的信息可以分成两大类：

1.基本信息

Entry	C Number, 在数据库中的唯一标识符
Name	名称
Formula	化学式
Extract Mass	质量
Mol weight	分子量
structure	结构

2.与其他数据库的链接

Reaction	该分子涉及到的的Reaction
Pathway	该分子参与的通路
Module	该分子参与的module
Enzyme	该分子相关的酶
DB	第三方数据库的链接

Reaction 数据库存储的是各种compound 之间的反应，所以会有Reaction的链接，比如 R00134

Pathway 数据库整合了ko, module, reaction, compound 等多个数据库库的信息，所以也会给出compound  参与的通路，在通路中，对应的compound 会高亮显示， 如下图中红色标记的圆形。

Module 是ko的集合，但是ko只是基因集，真正参与生命活动的是这些基因的产物，在产物发挥作用的时候，也需要compound 的参与，所有会给出compound 相关的module。

Enzyme 数据库保存各种酶的相关信息，酶作为催化剂调控一些生物学过程的发生和进行，在这个过程中肯定也会有compound 的参与；比如1.1.1.306 这种酶催化的反应中， 供体提供甲酸才能进行反应，所以会给出compound 对应的Enzyme 编号；

总结

1. compound 数据库存储了参与生命活动的各种分子的信息，数据库中的记录用C Number唯一标识， 每条分子都有对应的化学式，结构式，分子量等基本信息；

2. compound 和reaction , module， pathway， enzeme 等多个数据库都有联系；