KEGG如何使用KEGG数据库查询pathway?

Posted 2021-05-01 海普洛斯HaploX

怎么看KEGG中的代谢通路图？

图1

我们昨天说到，点开KO的一个ID后，我们会跳往该酶的具体通路信息。如图1所示，在pathway栏目中，有8个与人类丝氨酸甲基转移酶相关的pathway，我们随意点开第一个hsa00260通路，跳往如下页面（图2）：

图2

方框一般就是酶，方框里面的2.1.2.1不是IP 而是EC编号；加黄边的方框代表查询的酶所在的位置，如图3所示，2.1.2.1就代表我们查询的丝氨酸甲基转移酶6470和6472。

图3

小圆圈代表代谢物，把鼠标放上去，会出现C00065（L-Serine）以及该代谢物即L-Serine的分子式（图4），非常直观。C代表compound，00065是这种化合物在KEGG中的编号，一般在KEGG中数据条目都是这样的，前面一个标志，后面一个五位数编号；大的圆方块，就表示是另一个代谢图了。

图4

代谢通路图的分类

图2、3、4中的方框涂成绿色也是有讲究的。因为这是一张特定物种（Homo sapiens ，人类）的代谢图，绿色的框框表示专属于这个物种。

在KEGG中有两种代谢图，一种是参考代谢通路图reference pathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以点击查看更详细的信息；另一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息，白色的方框属于其他物种，点击则没有链接。

这两种图很好区分，reference pathway在KEGG中的名字是以map 开头的，比如map00260，就是甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢途径的参考图，而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写（一个属的首字母+2个种的首字母）比如我们上面举的栗子：人类的甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢通路图hsa00260属于species-specific pathway，hsa是Homo sapiens（人属智人种）的缩写。

那么：怎么找这两种图呢？

（1）有下拉列表的时候，在列表选择reference 或者是特定物种即可。

（2）在pathway检索的页面http://www.genome.jp/kegg/pathway.html，如图5：

图5

默认的就是map，参考图，你想要什么物种的代谢图写上它的名称就好了（种属缩写），如果不知道是哪3个字母，点击organism 选择即可（不过你点进去也是一片空白，你要提示两个字母才会给出下拉条目）。例如，我在keyword搜索框中写入hsa，跳往人类的所有代谢通路图，第一个是芳香族化合物的降解通路图（图6）：

图6

到处点点都可以找到的！

我们回头看下图5，在导航栏上有brite、module、KO、genome、gene、ligand、disease、drug等选项，学会了以上找pathway的方法，以此类推，我们同样可以找到相关的gene、drug等信息。

纠错：昨天的KEGG第一讲中，点击Glutamate metabolism就进入其代谢通路图，应该改为点击Glycine,serine and threonine metabolism就进入其代谢通路图。

参考资料

[1] http://blog.sciencenet.cn/blog-364884-779116.html

[2] http://blog.sciencenet.cn/blog-364884-779438.html

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