source 和Bioconductor R包安装报错no internet connection?无法联网

Posted 2023-04-05

参考技术A BioManger安装见：https://www.jianshu.com/p/d46580eb52c6

source 和Bioconductor R包安装报错 Couldn't resolve host name && 错误: Bioconductor version cannot be val...

第二次报错：

经过多次尝试，问题可能出现在ipv6上面。
解决方式：
ubuntu 18系统下

插入两行

包无法在 R 中卸载：无法安装包

【中文标题】包无法在 R 中卸载：无法安装包

【英文标题】：package cannot be unloaded in R: cannot install package

【发布时间】：2015-12-22 15:45:45

【问题描述】：

我正在尝试在 R 中安装一个包，但无法绕过以下错误。

发生了什么事？ :(

我正在运行 Fedora 20，R 3.2

 biocLite("monocle")
    BioC_mirror: http://bioconductor.org
    Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.5), R version 3.2.0.
    Installing package(s) 'monocle'
    trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/monocle_1.0.0.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 332309 bytes (324 KB)

    downloaded 324 KB

    installing *source* package ‘monocle’ ...
    R
    inst
    preparing package for lazy loading
    Error in unloadNamespace(package) : 

    namespace ‘plyr’ is imported by ‘reshape2’, ‘ggplot2’, ‘scales’ so cannot be unloaded
    Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) : 

    Package ‘plyr’ version 1.8.1 cannot be unloaded
    ERROR: lazy loading failed for package ‘monocle’
    removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2/monocle’

【问题讨论】：

它正在尝试卸载 plyr，但是您加载了其他阻止它这样做的包 - 我不确定它为什么要尝试卸载 plyr，但也许尝试卸载 @987654325 @、ggplot2、scales 看看能不能安装monocle？

谢谢，我怎样才能卸载那些其他的包？

按照***.com/a/6979989/743568、detach("package:reshape2", unload=TRUE)等。

使用 --vanilla, R --vanilla 选项启动 R 是否有帮助？也许你有一个 .Rprofile 或 .RData 文件导致 plyr 和其他包在安装过程中被加载。

【参考方案1】：

看起来monocle 正在尝试再次卸载和安装plyr，但它不能因为其他软件包即ggplot2、scales 和reshape2 依赖于plyr。请使用

删除这些包

remove.packages("ggplot2")
remove.packages("reshape2")
remove.packages("scales")

最后

remove.packages("plyr")

现在再次尝试安装monocle。

Monocle 确实依赖于plyr

取决于 R (>= 2.7.0)、HSMMSingleCell(>= 0.101.5)、Biobase、ggplot2 (>= 0.9.3.1)、样条线、VGAM (>= 0.9-5)、igraph (>= 0.7.0)、plyr

在monocle主页http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html

【讨论】：

我希望能解决它！我已经尝试了好几次，但是一旦我回去尝试安装 Monocle，仍然会遇到同样的错误......即使所有的包都被卸载了。

是你的包 BiocInstaller 过时了..因为在我的 RStudio 中安装它的打印时 trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.1/bioc/bin/windows/contrib/3.2/monocle_1.2.0.zip' Content type 'application/zip' length 756322 bytes (738 KB) downloaded 738 KB 在你下载之前版本的 monocle 时

【参考方案2】：

MASS 包我遇到了同样的错误。

以下命令用于删除该软件包。

remove.packages("MASS")

在下面的命令中尝试了新的，并且成功了。

install.packages("MASS")
library(MASS)

【参考方案3】：

卸载软件包后，quit() 并再次重新启动 R

【参考方案4】：

我通过重启 R 解决了这个问题。

【讨论】：

我总是在安装新软件包之前重新启动 R 以避免这种情况。在 RStudio/Windows 中，快捷键是 CTRL-SHIFT-F10。