降级 R 版本和 R 包 Bioconductor [重复]

Posted 2023-02-19

【中文标题】降级 R 版本和 R 包 Bioconductor [重复]

【英文标题】：Downgrade R version and R package Bioconductor [duplicate]

【发布时间】：2013-11-04 12:37:14

【问题描述】：

大家好，我目前正在使用 Bioconductor v2.13 在 debian 服务器上运行 R 3.0.2。我的问题很简单，尽管通过互联网搜索并没有为我提供明确的答案：

如何从 R 3.0.2 降级。到 R 2-15？

考虑到我保留 R 3.0.2，如何将 Bioconductor 降级到 v2.12？

提前谢谢你，

【问题讨论】：

和其他开源软件一样吗？获取源码，编译，本地安装，设置路径。检查R Installation and Administration

【参考方案1】：

通常，Bioconductor 旨在与特定版本的 R 一起使用，因此无法保证将旧版本的 Bioconductor（或任何 R 包）与新版本的 R 一起使用。最好在 Bioconductor 上询问有关 Bioconductor 包的问题mailing list。可能您的意思是您当前的 Bioconductor 安装存在一些问题，而您真正最好的做法是解决问题。

查看installed.packages() 的LibPath，并与.libPaths() 的输出进行比较。我有

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1)
                                                   affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
> .libPaths()
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library"  

好消息！我所有的 Bioc 包都在一个特定的库中。然后我可以安排（参见?.libPaths）以 .libPaths 指向 Bioc 2.12 包的新位置来启动 R，例如，

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R

然后显式安装我要使用的BiocInstaller包的版本，例如，

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc")

和往常一样library(BiocInstaller); biocLite()。

如果我的 Bioconductor 软件包安装在 R 主目录中，那么我将使用 remove.packages() 而不是设置 .libPaths()，或者我会运行 BiocInstaller::biocValid() 并按照说明恢复“太新”的软件包。