R splatter包学习

Posted 2021-03-12 bluebluesea

转自:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/splatter/inst/doc/splatter.html

1.quickstart

library(splatter)
library(scater)# 创建模拟数据
set.seed(1)
sce <- mockSCE()
params <- splatEstimate(sce)

跑上面的代码时，出现了Error in mockSCE() : could not find function "mockSCE" 错误，emmm。

这个函数是scater包里的函数，引入了这个包为啥找不到函数呢。

可能是和R的版本有关系，我目前使用的是3.5.1，但有warning：

Warning messages:
1: 程辑包‘scater’是用R版本3.5.2 来建造的 
2: 程辑包‘ggplot2’是用R版本3.5.3 来建造的 

所以尝试使用3.5.2版本的R。