安装 DESEq2 错误：无法访问存储库的索引 https://bioconductor.org

Posted 2023-03-23

【中文标题】安装 DESEq2 错误：无法访问存储库的索引 https://bioconductor.org

【英文标题】：Installing DESEq2 Error: unable to access index for repository https://bioconductor.org

【发布时间】：2021-12-04 01:45:33

【问题描述】：

我最近更新了我的 macOS、R 和 R 工作室。新版本如下：

MacOS：macOS Big Sur，版本 11.6

R：4.1.1 (2021-08-10) -- “踢东西”

R Studio：2021.09.0 Build 351“Ghost Orchid”版本 077589bc，2021-09-20)，适用于 macOS）

我经常使用 Bioconductor 提供的包 DESEQ2： Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution。但是，更新后，当我运行命令（对于 R 版本 4.1）重新安装 DESEQ2:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")

我现在在安装过程中收到以下错误（多行说明）：

警告：无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/src/contrib 的索引： 无法打开 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/src/contrib/PACKAGES'

DESEQ2 将因此无法加载。此外，当我导航到错误中的链接时 - 它是一个错误：Page Not Found

就上下文而言，我已经能够通过BiocManager::install() 下载其他软件包，更新后没有问题。

有谁知道我如何绕过这个来安装DESEq2？

【问题讨论】：

我很好奇 Bioconductor 是否正在做一些更新。当我点击您发布的链接时，我实际上得到的是“禁止访问”而不是“找不到页面”

有趣。我再次点击链接，它工作，但不是安装。也许它正在经历一些更新或维护或不稳定的事情。我明天再试试下载。谢谢你的建议。我想你可能是对的。

其实很奇怪。当你提出这个问题时。我尝试在我的两台具有相同设置的设备上下载 DESeq2。我使用了与您相同的命令，一台设备在下载软件包时出现问题，而我在 30 分钟后开始下载的第二台设备在下载 DESeq2 时没有问题

Neuron：好的——这个周末我已经弄清楚了。从我的角度来看，我在计算机的后台激活了一个防火墙，它不允许访问下载所需的Bioconductor 索引库DESEQ2。一旦我关闭它，我就可以毫无问题地下载DESEQ2。非常感谢您尝试帮助我。非常感谢。

【参考方案1】：

我最终发现了这个错误：我激活了一个在我的计算机后台运行的防火墙，它不允许访问下载所需的Bioconductor 索引存储库DESEQ2。一旦我关闭它，我就可以毫无问题地下载DESEQ2。

【讨论】：

非常有趣。今后我会牢记这一点。感谢您回复您的问题