AnnotationHub

Posted 2020-10-17 丫头和她的猫

 AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库，里面有很多物种，以及来源于很多数据库的注释信息。

1，安装这个包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("AnnotationHub"),

2，载入这个包：

library(AnnotationHub)

（如有提示说需要载入其它包，比如BiocGenerics，parallel，那么就载入它们）

library(BiocGenerics)
library(parallel)
library(AnnotationHub)

3,建立AnnotationHub对象

ah = AnnotationHub()

接下来我们可以按自己的需求来完成，

比如a：想要查看AnonotationHub里面包括那些物种：

unique(ah$species）
由于包含东西太多，我们可以根据自己想要找的物种，来看这个AnonotationHub里面是否包含我们想要的物种：
ah$species[which(ah$species=="Mus musculus")]

可见是包含的，由于我们想要使用clusterProfiler包，这个包只针对含有OrgDb对象的，所以我们继续寻找

使用R中的qury函数可以看见一些信息：

OrgDb属于rdataclass里面的，所以使用

就找到了，名字为org.Mm.eg.db。

初学，如有不对还请指出。

大神详解：http://www.jianshu.com/p/ae94178918bc